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hairan木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
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[交流]
Gaussian和MolPro计算，对位于分子不同区域的同一种原子使用不同基组的定义方式 已有4人参与
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1、计算的需求： 我们在计算中经常会遇到一种情况，就是分子比较大但又不至于太大而必须一部分使用类似QM/MM的方式处理，此时我们希望对整个分子用同一种计算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想对分子的不同区域使用不同的基组，这与平常我们根据元素符号来定义基组有些不同，我们需要使用原子默认编号或自定义编号来定义基组。 我在网上搜索了一番，用Gaussian如何处理这个问题还有些答案，但不完全，用Molpro如何处理则完全没有答案，现将如何使用这两个软件按照原子编号来定义基组分享给大家。 2、Gaussian软件的设置方式： 2.1 关键词：gen 2.2 输入文件示例：甲醛分子，C和O用一种基组，两个H分别用另外两个不同的基组 ------------------------------------------------------------------------------------------ # MP2/gen MP2 calculation for formaldehyde 0 1 C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 1 2 0 aug-cc-pVTZ **** 3 0 cc-pVTZ **** 4 0 aug-cc-pVQZ **** ------------------------------------------------------------------------------------------ 2.3 说明 2.3.1 在输入文件#打头的那一行要有一个gen关键词告诉程序去输入文件结尾读取基组信息，这与按照元素符号定义基组是一样的。 2.3.2 一个需要知道的知识是Gaussian软件默认分子坐标所在的行数当做分子的编号，比如第三行的原子的编号为3，在GaussView中称作Lebel，大多数Gaussian使用者不知道的是原子编号是可以用来定义基组的。 2.3.3 下面说到关键部分，即输入文件末尾的基组信息定义。 a. 最常用的情况：对不同的元素用不同的基组，此时具体基组上面一行出现的是元素符号，那一行以数字0结尾。 b. 需要不同区域的同一种原子用不同的基组时：可以将元素符号替换为原子编号。如果多个原子都用同一种基组可以写在一行中，如果原子编号是连续的，可以用“-”来定义一个范围，比如“7-16”表示编号从7到16的所有原子。 c. 注意事项：原子编号那一行仍然以数字“0”结尾；赝势的定义中关于原子的这一行与基组的定义方式一致。 3、MolPro软件的设置方式 与Gaussian不同的是，MolPro软件对这个功能的支持还不是很完善，我也是与软件作者H.-J. Werner教授通信之后才确定我的处理方式是可用的。 3.1 坐标的预处理 需要专门定义基组的原子需要自己手动定义编号，例如： C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H1 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H2 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 请注意代表氢的两个字母H后面分别加了一个数字，这个就是我们手动定义的编号，这个编号将在基组的定义中用到。 3.2 输入文件示例：甲醛分子，C和O用一种基组，两个H分别用另外两个不同的基组。 ------------------------------------------------------------------------------------------ *** Geomtyp=xyz geometry 4 MP2 calculation for formaldehyde C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H1 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H2 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 } gprint,basis Basis Default=AVTZ H1=VTZ H2=AVQZ end HF MP2 ------------------------------------------------------------------------------------------ 3.3 说明 3.3.1 用MolPro处理时，可以将对应了原子数最多的一种基组设置为默认，就是上面的Default=AVTZ; 3.3.2 需要专门定义基组的原子依次写下来，比如下面的“H1=VTZ”，每个一行，也可以写在一行中，用逗号隔开； 3.3.3 注意事项： a. MolPro用这种方式处理时有个限制：基组定义部分好像不能超过50个字符，因此需要尽量用最省字符的方式； b. MolPro支持一些基组的简写，可以节省字符的数量，比如相关一致基组aug-cc-pVnZ基组可以简写为AVnZ，cc-pVnZ可以简写为VnZ （n代表zeta数目，可以为D, T, Q, 5, 6......）。 c. Werner教授说如此定义基组在计算结果方面是没问题的，但如果你要在输入出文件中输出基组信息，可能会输出的不对，比如当前的输入文件对应的输出文件中，只输出了H1对应的VTZ信息，没有输出H2的AVQZ的信息。MolPro的作者将去解决这个问题。 |
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