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yinzi8858

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序可以直接拿到基因全长吗?

本研究的目的是拿到一种植物的花部某(几)个基因全长,做转基因功能验证。本来打算用设计简并引物的方法,但是已知信息量很少,不容易设计简并引物。所以想用现在比较热的转录组测序的方法。想请教几个问题:1、转录组测序的结果可以直接拿到花部(花香、花色等性状)某些基因的全长么?还是多是一些片段,仍然需要设计引物然后3‘,5’race拿全长?2、如果可以直接拿到全长,下一步该怎么做?需要验证吗?如何验证?3、公司可以直接拿走实验材料负责给提RNA,那我是不是就不需要亲自掌握提RNA和反转录的过程了?就是说我只需要亲自操作后面转基因功能验证的部分就可以了呢?
分子实验的新手,对于大家的耐心和热心解答非常非常感谢!!越详细越好! 新手金币不多,请见谅
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yujiulingyun

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

现在做花的转录组太多了,园艺在做,植物学也做,生化与分子也做,育种也要做,这当然看你的物种是什么,要解决什么问题了。对于你的问题,首先要看你的物种全基因组测序了没,转录组测序得到的是一些片段,需要拼接,注释等,不过公司会做的,只要你和他们说好就ok了。
至少在帝都,没有第二个像我一样的女子。这样,还有什么不可为?
2楼2014-12-09 16:21:46
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yinzi8858

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yujiulingyun at 2014-12-09 16:21:46
现在做花的转录组太多了,园艺在做,植物学也做,生化与分子也做,育种也要做,这当然看你的物种是什么,要解决什么问题了。对于你的问题,首先要看你的物种全基因组测序了没,转录组测序得到的是一些片段,需要拼接 ...

嗯,我做的物种没有参考基因组。那么公司给拼接之后给我的就是全长了么?我想做功能验证。
3楼2014-12-09 16:53:44
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yinzi8858

新虫 (初入文坛)

哪位大神回答一下。。。呜呜呜
4楼2014-12-10 10:26:50
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an0ta

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先,由于降解,转录组测序很难得到UTR序列吧,尤其是5‘端的。一般会得到EST,后面还是要做RACE的,当然若你做的基因表达丰度很高,还是很有可能得到绝大部分CDS的;
其次,看你要怎么验证了,若是要做蛋白表达之列的,还是要提取RNA然后反转得到cDNA的。
责任感!
5楼2015-01-22 19:40:45
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