24小时热门版块排行榜    

查看: 3168  |  回复: 4

yinzi8858

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序可以直接拿到基因全长吗?

本研究的目的是拿到一种植物的花部某(几)个基因全长,做转基因功能验证。本来打算用设计简并引物的方法,但是已知信息量很少,不容易设计简并引物。所以想用现在比较热的转录组测序的方法。想请教几个问题:1、转录组测序的结果可以直接拿到花部(花香、花色等性状)某些基因的全长么?还是多是一些片段,仍然需要设计引物然后3‘,5’race拿全长?2、如果可以直接拿到全长,下一步该怎么做?需要验证吗?如何验证?3、公司可以直接拿走实验材料负责给提RNA,那我是不是就不需要亲自掌握提RNA和反转录的过程了?就是说我只需要亲自操作后面转基因功能验证的部分就可以了呢?
分子实验的新手,对于大家的耐心和热心解答非常非常感谢!!越详细越好! 新手金币不多,请见谅
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiulingyun

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

现在做花的转录组太多了,园艺在做,植物学也做,生化与分子也做,育种也要做,这当然看你的物种是什么,要解决什么问题了。对于你的问题,首先要看你的物种全基因组测序了没,转录组测序得到的是一些片段,需要拼接,注释等,不过公司会做的,只要你和他们说好就ok了。
至少在帝都,没有第二个像我一样的女子。这样,还有什么不可为?
2楼2014-12-09 16:21:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinzi8858

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yujiulingyun at 2014-12-09 16:21:46
现在做花的转录组太多了,园艺在做,植物学也做,生化与分子也做,育种也要做,这当然看你的物种是什么,要解决什么问题了。对于你的问题,首先要看你的物种全基因组测序了没,转录组测序得到的是一些片段,需要拼接 ...

嗯,我做的物种没有参考基因组。那么公司给拼接之后给我的就是全长了么?我想做功能验证。
3楼2014-12-09 16:53:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinzi8858

新虫 (初入文坛)

哪位大神回答一下。。。呜呜呜
4楼2014-12-10 10:26:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

an0ta

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先,由于降解,转录组测序很难得到UTR序列吧,尤其是5‘端的。一般会得到EST,后面还是要做RACE的,当然若你做的基因表达丰度很高,还是很有可能得到绝大部分CDS的;
其次,看你要怎么验证了,若是要做蛋白表达之列的,还是要提取RNA然后反转得到cDNA的。
责任感!
5楼2015-01-22 19:40:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yinzi8858 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 8/400 2026-08-01 18:50 by Kddn1pB6pAzX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 7/350 2026-08-01 18:43 by Kddn1pB6pAzX
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 9/450 2026-08-01 18:43 by Kddn1pB6pAzX
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 7/350 2026-08-01 18:42 by Kddn1pB6pAzX
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 9/450 2026-08-01 18:42 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 6/300 2026-08-01 18:37 by Kddn1pB6pAzX
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-08-01 8/400 2026-08-01 18:31 by Kddn1pB6pAzX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 11/550 2026-08-01 18:17 by Kddn1pB6pAzX
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 9/450 2026-08-01 18:10 by Kddn1pB6pAzX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 9/450 2026-08-01 18:10 by Kddn1pB6pAzX
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 9zw1gfyi7x 2026-07-31 9/450 2026-08-01 18:02 by Kddn1pB6pAzX
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 17:51 by Kddn1pB6pAzX
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了? +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
信息提示
请填处理意见