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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 转基因 » 转录组测序可以直接拿到基因全长吗？
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yinzi8858

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序可以直接拿到基因全长吗？

本研究的目的是拿到一种植物的花部某（几）个基因全长，做转基因功能验证。本来打算用设计简并引物的方法，但是已知信息量很少，不容易设计简并引物。所以想用现在比较热的转录组测序的方法。想请教几个问题：1、转录组测序的结果可以直接拿到花部（花香、花色等性状）某些基因的全长么？还是多是一些片段，仍然需要设计引物然后3‘，5’race拿全长？2、如果可以直接拿到全长，下一步该怎么做？需要验证吗？如何验证？3、公司可以直接拿走实验材料负责给提RNA，那我是不是就不需要亲自掌握提RNA和反转录的过程了？就是说我只需要亲自操作后面转基因功能验证的部分就可以了呢？
分子实验的新手，对于大家的耐心和热心解答非常非常感谢！！越详细越好! 新手金币不多，请见谅
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1楼 2014-12-09 14:17:14
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yujiulingyun

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

现在做花的转录组太多了，园艺在做，植物学也做，生化与分子也做，育种也要做，这当然看你的物种是什么，要解决什么问题了。对于你的问题，首先要看你的物种全基因组测序了没，转录组测序得到的是一些片段，需要拼接，注释等，不过公司会做的，只要你和他们说好就ok了。
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至少在帝都，没有第二个像我一样的女子。这样，还有什么不可为？
2楼2014-12-09 16:21:46
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yinzi8858

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yujiulingyun at 2014-12-09 16:21:46
现在做花的转录组太多了，园艺在做，植物学也做，生化与分子也做，育种也要做，这当然看你的物种是什么，要解决什么问题了。对于你的问题，首先要看你的物种全基因组测序了没，转录组测序得到的是一些片段，需要拼接 ...

嗯，我做的物种没有参考基因组。那么公司给拼接之后给我的就是全长了么？我想做功能验证。
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3楼2014-12-09 16:53:44
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yinzi8858

新虫 (初入文坛)
哪位大神回答一下。。。呜呜呜
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4楼2014-12-10 10:26:50
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an0ta

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，由于降解，转录组测序很难得到UTR序列吧，尤其是5‘端的。一般会得到EST，后面还是要做RACE的，当然若你做的基因表达丰度很高，还是很有可能得到绝大部分CDS的；
其次，看你要怎么验证了，若是要做蛋白表达之列的，还是要提取RNA然后反转得到cDNA的。
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责任感！
5楼2015-01-22 19:40:45
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