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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 同源模建 高手帮忙啊！
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guolu

[交流] 同源模建 高手帮忙啊！

http://ca.expasy.org/sprot/
这个数据库怎么用啊  


我现在要做一个蛋白的同源模型 怎样选择模板蛋白呢？比较基因序列吗？再根据重合程度选择是吗？怎样找一个蛋白的基因序列呢？请高手帮忙啊
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1楼 2008-05-21 10:54:57
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huairpan

木虫 (正式写手)

很牛
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!
首先,将你要模建的蛋白的序列去NCBI,用Bla s t 工具进行序列比对,选择比对数据库的时候,是选择PDB 这项.然后,在结果中找到相似度最高的那个序列.再把该序列蛋白的PDB文件下载下来,用InsightII Homology模块构建就可以了.不过有个前提是:序列比对的相似度大于30%.
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我思故我在
2楼2008-05-21 11:57:55
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
这个数据库是一级序列数据库
你首先要去NCBI这种数据库利用blast或者fasta搜索PDB数据库
找到你要的有晶体的模板蛋白，然后根据序列比对利用建模软件建立模型
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
3楼2008-05-21 12:35:04
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guolu

多谢高手指点 貌视不那麽迷茫了 o(∩_∩)o... 这几天一直在互帮互助的感动中





                                                             汶川加油 中国加油！
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4楼2008-05-22 08:57:27
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

schrodinger软件中的模块prime也可以完成

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
schrodinger软件中的模块prime也可以完成，相对比较简单，可以先用这个软件对魔剑过程有个了解。软件在vercd有下。
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5楼2008-05-22 09:20:56
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guolu

引用回帖:
Originally posted by xuzhj01 at 2008-5-22 09:20:
schrodinger软件中的模块prime也可以完成，相对比较简单，可以先用这个软件对魔剑过程有个了解。软件在vercd有下。

多谢 schrodinger就比较熟悉了 o(∩_∩)o...
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6楼2008-05-22 10:52:08
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rantingjing

铜虫 (小有名气)
路过听了大家的指点，很好
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ll
7楼2008-05-25 09:06:59
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