应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎样确定DL_POLY软件FIELD文件中涉及氢键的VDW参数？力场选Dreiding力场。
41/1返回列表
查看: 1839  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] 怎样确定DL_POLY软件FIELD文件中涉及氢键的VDW参数？力场选Dreiding力场。 已有1人参与

Dreding力场中关于H和F的力场参数如下：

ATOMTYPES
X          X            0.00000  0.0000 non    0 non      !Dummy forcefield type
H_         H          1.00800  0.0000 non    0 non      !hydrogen
H___A      H       1.00800  0.0000 non    0 non      !hydrogen, involved in hydrogen bonds
H___b      H       1.00800  0.0000 non    0 non      !hydrogen, bridging hydrogen



DIAGONAL_VDW
X                IGNORE       0.1000000000000000
H_             LJ_6_12       3.195000000000000       0.1520000000000000E-01
H___A       LJ_6_12       3.195000000000000       0.1000000000000000E-03
H___b       LJ_6_12       3.195000000000000       0.1520000000000000E-01

F_          LJ_6_12       3.472000000000000       0.7250000000000000E-01

对于HF分子，如果要考虑F-H...F-H的氢键作用，在 DL_POLY中怎么写L-J部分的分子间作用势？
VDW    3
F    F     lj   0.0725    3.472
F    H     lj   A             B                     !这部分有氢键作用
H    H     lj  0.0152    3.195      

怎样确定这里的A和B?
我提出两个可能：
（1）按照F  H___A来混合, 即用F_ 和H__A 的参数来混合；
（2）按照F  H来混合，即用F_和H_来混合。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-12-07 19:46:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
(1)吧，毕竟所有氢原子都参与到氢键里。
那么你在vdw中的氢原子为什么不用H_A而要用H_的LJ参数呢？
赞一下 回复此楼
2楼2014-12-08 14:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-12-08 14:49:42
(1)吧，毕竟所有氢原子都参与到氢键里。
那么你在vdw中的氢原子为什么不用H_A而要用H_的LJ参数呢？

H__A与F_可以描述氢键作用；那么H与H之前的作用呢？用H___A和H___A?还是H_和H_?
赞一下 回复此楼
3楼2014-12-08 15:53:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-12-07 19:53:58
H__A与F_可以描述氢键作用；那么H与H之前的作用呢？用H___A和H___A?还是H_和H_?...

我觉得应该是H_a  H_a，因为氢键不是原子间的相互作用，而是分子间的。也就是说H_a-F, H_a - H_a之间的vdw相互作用＋静电相互作用的协同效应才会产生氢键。
赞一下 回复此楼
4楼2014-12-09 10:47:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cenwanglai 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否申诉？ +4 echo8914667 2026-08-30 5/250 2026-08-30 21:11 by echo8914667
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭