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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散能垒的MS计算步骤？？
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yuanshuai861

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
故事是这样的: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-12-07 15:25:02
abinitio: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励交流 2014-12-08 11:11:47
1.扩散能垒是分子通过分子筛孔道需要克服的能量，可以表示分子的扩散难易程度。是一种热力学能垒，不用求解过渡态。计算分子在扩散路径（根据孔道形状自己定义）上各点的体系能量，能量的最大值与最小值之差即为扩散能垒。
2.印象中MS（至少版本5之前）无法自动实现这一过程，所以用MS计算扩散能垒比较麻烦。Insight II中有Diffusion模块专门可做。
3.建议你看几篇“Diffusion energy barrier”的外文文献就明白了。
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故事是这样的
11楼2014-12-05 09:16:01
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ustc

金虫 (著名写手)
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12楼2014-12-05 11:36:44
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by yuanshuai861 at 2014-12-05 09:16:01
1.扩散能垒是分子通过分子筛孔道需要克服的能量，可以表示分子的扩散难易程度。是一种热力学能垒，不用求解过渡态。计算分子在扩散路径（根据孔道形状自己定义）上各点的体系能量，能量的最大值与最小值之差即为扩散 ...

非常感谢~~但还有个问题：是通过MS里面的哪个步骤来自己定义扩散路径的呀？谢谢您~~
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13楼2014-12-07 15:27:51
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yuanshuai861

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
故事是这样的: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-08 10:59:08
MS不能自动定义扩散路径。如果想用MS计算扩散能垒，你可以根据扩散能垒的计算原理来试一试：自定义的扩散路径就是沿着分子筛孔道各中心点的连线。你可以根据距离判断把分子直接放在扩散路径某一点（孔道中心）的位置，然后优化该位置的能量。这个优化完成后，你需要把分子手动移到扩散路径的下一个位置，继续优化求出能量。依次类推，计算优化出所设计路径上每一点的能量。按照路径上的点的顺序把每一个能量点连起来做成曲线，基本上就是扩散能量曲线，最大值与最小值之差就是扩散能垒。
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14楼2014-12-08 09:11:52
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by yuanshuai861 at 2014-12-08 09:11:52
MS不能自动定义扩散路径。如果想用MS计算扩散能垒，你可以根据扩散能垒的计算原理来试一试：自定义的扩散路径就是沿着分子筛孔道各中心点的连线。你可以根据距离判断把分子直接放在扩散路径某一点（孔道中心）的位置 ...

哦~~~好的，您的方法挺合理的，我试试~~非常感谢~~
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15楼2014-12-08 10:59:24
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果果lou

铁虫 (初入文坛)
学习了，光宇扩散路径也一直不知道该怎么做
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16楼2015-04-15 17:28:23
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我爱二极管

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 故事是这样的 at 2014-12-02 13:28:07
想得到类似的路径与能量的图形~~

路径能量.jpg

请问你这个图是哪篇文献中的，能告知下么？
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17楼2017-04-07 14:25:24
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