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809011916

铜虫 (小有名气)

[求助] RDFs编程深入探究 已有1人参与

【求助】论坛内已经陆续有关于RDFs编程相关的优秀帖子给大家交流参考，但是我相信有很多对这个常用小编程依然有疑问并可以深入地研究下，鉴于《分子模拟从算法到应用》书中已经阐述了基本的模拟思想，我在此处只表示下我想交流求助的问题。
书中做的是分子-分子之间的径向分布函数，它是以box和nhis为基准计算的，现在我如果想以截断半径为基准计算这样是不是理论可行的？还有如果编写关于原子-原子之间的径向分布函数，是不是应该再添加关于原子对之间的循环，应该添加多少循环呢？比如一个环己烷一个丙烷，处理成CH和CH3或者CH2和之间的径向分布函数，怎么去编写程序呢？
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MD分子动力学 径向分布函数

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1楼 2014-11-23 00:04:58
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809011916

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuntao118 at 2014-11-23 10:24:37
box通常在确定周期边界，和模拟区域的大小计算体积才用。nhis通常是在采样中应用指的：你采样的区间个数。或者样本的区分标准；截断半径通常要求不大于BOX的一半（模拟区域是方形或者立方区域）。好好的把书本上讲的 ...

您好，首先感谢您的热情回帖讨论。
我要再进一步描述下我的问题，我的编程思想是这样的：直接指定截断半径r和采样个数nbin，这样就能得到采样的区间binstep。循环分子类型i，j，再循环bin到nbin得到径向分布函数，这是否理论可行呢？
再次我认为你的“径向分布函数是原子局部的浓度与系统的浓度的比值”并不是很准确吧，用浓度去说明这个似乎很难理解啊。
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4楼2014-11-23 13:53:28
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我不是太理解你说“计算基准”想表达什么意思，若是只公式中出现的的“L”的话。我认为是不能将其用截断半径替换的，原因是径向分布函数是原子局部的浓度与系统的浓度的比值（参考陈正隆《分子模拟的理论与实践》第七章）。至于你的第二个问题，你可以参考《the art of MD》的第八章，水分中的各种原子的径向分布函数计算过程。只要这个你看懂了相信你的问题就可以解决了。
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2楼2014-11-23 09:31:39
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
809011916: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-11-23 13:39:46
809011916: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-11-24 23:47:20
box通常在确定周期边界，和模拟区域的大小计算体积才用。nhis通常是在采样中应用指的：你采样的区间个数。或者样本的区分标准；截断半径通常要求不大于BOX的一半（模拟区域是方形或者立方区域）。好好的把书本上讲的看懂，书读百遍，其义自现。当然读书要有辨别，当前有些书中出现点小的错误在所难免。有疑问的地方，建议相关书籍多读几本，自然就会明白了。
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3楼2014-11-23 10:24:37
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 809011916 at 2014-11-23 13:53:28
您好，首先感谢您的热情回帖讨论。
我要再进一步描述下我的问题，我的编程思想是这样的：直接指定截断半径r和采样个数nbin，这样就能得到采样的区间binstep。循环分子类型i，j，再循环bin到nbin得到径向分布函数， ...

不太明白你说的，建议你直接看陈正隆的书本第七章上面有很好解释径向分布函数的物理意义和径向分布函数的流程，或者读《《the art of MD》第三章上面有径向分布函数的C代码。自己读懂后，就可以自己写程序了。至于在MD或者MC模拟中截断半径本身就是依赖于自己模拟的需求直接给定的。径向分布函数的区间个数也是依赖自己模拟的需求给定的（一般情况下，径向分布函数的统计半径要大于截断半径，这样才能体现径向分布函数的物理意义）。
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5楼2014-11-23 17:01:58
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