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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】关于MS的DISCOVER模块
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savagefly

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于MS的DISCOVER模块

各位大侠：
    小弟是刚开始做离子水化的MD模拟，主要是K Na离子的研究。打算使用MS，不知道使用DISCOVER模块是否合适。请高手大侠指教下，如果可以，有什么针对DISCOVER的资料或者文献可以参考，小弟很是着急，希望大侠们尽快回复，不胜感谢！！！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 17:05 ]
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寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
1楼 2008-05-15 10:47:50
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dongping001

木虫 (正式写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!
如果你有分子力学和分子动力学经验,或者使用过相应的软件,应该是可以的,先用hyperchem练习一下,在周期箱里面,溶剂是水正好适用你的体系
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2楼2008-05-15 11:14:48
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xiao2008zhu

银虫 (小有名气)
dongping001兄能不能留个联系方式?我也是做discover的,以后多向你请教~谢谢了~
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3楼2008-05-15 13:10:21
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!欢迎常来小木虫！
我主要用InsightII，MS接触不多，但我认为MS中的discover只是一个辅助性的优化模块，去掉了很多参数手动设置，很smart的感觉，所以不太适合于作纯粹的分子动力学研究吧
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-05-15 13:13:59
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xiao2008zhu

银虫 (小有名气)
楼上的兄台,那做分子动力学研究,哪一个软件比较好?
谢谢~~
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5楼2008-05-15 13:17:49
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!欢迎常来小木虫！
分子动力学模拟是一种方法，非常非常多的软件、模块都集成了这种方法，他主要是基于力场的，我们平时见得比较多的就是AMBER, CHARMm and X-PLOR等啊，AMBER用的自己的力场，而后两都用的是CHARMm的力场，另外还有其它的无数的商业软件。当然MS也集成了这种方法
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2008-05-15 13:58:24
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dongping001

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
楼上说的对,可以计算分子动力学的软件很多,思路都差不多,都是在设置各种力场的基础上计算的,力场是基础,所以在使用前要了确定合适的力场,ms力场内嵌的力场不多,但compass力场是基于从头算量子力学方法得到的,适用面广,如果不太挑剔也就够了,我是从hyperchem入手熟悉分子动力学,新手首先那一个简单的软件熟悉 ,再用其它软件就容易了
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7楼2008-05-15 15:29:06
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savagefly

铜虫 (小有名气)
谢谢大家
还有个问题
有没有分子模拟的QQ群之类的联系方式
我想加一个
我觉得和大家交流是最好的学习方式
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寂寞的人总是记得生命中出现的人,所以我总是意犹未尽的想起你
8楼2008-05-15 15:36:53
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
InsightII 12907423
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9楼2008-05-15 16:05:20
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):3q
discovery可以做，可以自己用btcl写程序，不过要注意力场，做液体ms中可能没有合适的力场，做之前最好先查查力场参数
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10楼2008-05-17 12:43:04
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