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slytjiaofei木虫之王 (文学泰斗)
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强烈推荐-【从零学测序】系列课程-免费在线学堂已有12人参与
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【从零学测序】系列课程，主要为“-1到3岁的测序相关人士”开设，适合刚入门的测序数据分析人员、想利用深度测序技术进行科学研究的老师及学生、以及拥有临床样本及信息的医学工作者，还包括相关企业市场运营、技术支持及开发部门的朋友们，特别是科研服务及临床基因检测行业。 【从零学测序】系列包含六门课程，将分阶段开设，分别是：1.癌症基因组重测序分析；2.转录组与长非编码RNA测序分析（有参考基因组）; 3.转录组与长非编码RNA测序分析（无参考基因组）；4.小RNA测序分析；5.表观遗传组学测序分析；6.宏基因组测序分析。 ------------------------------------------------------------------------- 本课程“转录组与长非编码RNA测序分析（有参考基因组）”是【从零学测序】系列中第一阶段开展的课程之一，与“癌症基因组重测序分析”课程同期上线, 两门课程均为8个在线学时及线下沙龙。本课程重在实践，而非“蜻蜓点水”式！ 本课程主讲带头人为赵屹，现为中科院计算技术研究所副研究员，从事生物信息学研究十余年。研究兴趣集中在复杂生物网络研究。主要以非编码RNA及其参与的生物网络作为研究对象，整合基因组、转录组、表达谱数据，系统地研究多层次生物网络。以第一作者及通讯作者发表了20余篇高水平SCI文章，影响因子总和超过130；近年在非编码RNA功能预测及非编码RNA调控网络方面取得了突破性性进展，主要论文发表在《Trends in genetics》、《Nucleic Acids Research》等杂志，合作开发的NONCODE、ncFANs等生物医学数据库及网络服务平台得到国内外相关领域同行专家的好评。 本课程与癌症基因组测序课程讲解方式类似，将采用线上课堂与线下沙龙相结合。更多说明可以参考癌症基因组测序课程详细描述部分。本课程目的是让大家能够对转录组测序及长非编码RNA有个较为系统的认识，能够独立分析挖掘测序数据，熟练使用下游基因分析方法及可视化工具等。 对下面罗列的问题，如果你能回答的得心应手，那么，本课程对你的价值可能不会太大；如果大多问题模糊不清，或者对实现方法不了解，那么本课程的学习将会让你受益匪浅！ 转录组测序与基因组测序的区别是什么？ 转录组测序究竟能做哪些分析？ 转录组测序与基因芯片的差别有哪些？ 转录组测序与长非编码RNA测序有何关系？ 长非编码RNA的研究手段有哪些？ 如何评估转录组测序数据结果？ 转录组测序如何计算基因的表达量？ 转录组测序如何进行可变剪接分析？ 如何分析样本间差异表达的基因？ 如何分析时间特异性表达的基因？ 如何从大量的候选基因中最小范围地筛选出最想要的基因？ 如何对筛选出的基因做功能分析、pathway分析、基因间相互作用及调控网络分析？ 如何利用测序技术分析长非编码RNA？ 如何利用生物信息手段分析长非编码RNA的功能？ 如何绘制文章中常见的结果展示图？ 如何整合与研究内容相关的各类资源？ 如何查找某条基因附近（上下游）的基因？ UCSC Genome Browser能提供哪些资源和分析方法? 主讲人发表的与本课程相关代表文章： 1. Chaoyong Xie, Jiao Yuan, Hui Li ... Runsheng Chen* and Yi Zhao*. NONCODEv4: exploring the world of long non-coding RNA genes. Nucleic Acids Research, 2014.doi:10.1093/nar/gkt1222 2. Liang Sun, Haitao Luo, Dechao Bu, Guoguang Zhao, Kuntao Yu, Changhai Zhang, Yuanning Liu, RunSheng Chen and Yi Zhao* Utilizing sequence intrinsic composition to classify protein-coding and long non-coding transcripts. Nucleic Acids Research (2013), doi: 10.1093/nar/gkt646 3. Qi Liao, Changning Liu, Xiongying Yuan, Shuli Kang, Ruoyu Miao, Hui Xiao, Guoguang Zhao, Haitao Luo, Dechao Bu, Haitao Zhao, Geir Skogerb?, Zhongdao Wu* Yi Zhao* Large-scale prediction of long noncoding RNA functions in a coding-noncoding gene co-expression network. Nucleic Acids Research, Volume 39, Issue 9, 3864-78,2011. 4. Xingli Guo, Lin Gao, Qi Liao, Hui Xiao, Xiaoke Ma, Xiaofei Yang, Haitao Luo, Guoguang Zhao, Dechao Bu, Fei Jiao, Qixiang Shao, RunSheng Chen* and Yi Zhao*, Long non-coding RNAs function annotation: a global prediction method based on bi-colored networks. Nucleic Acids Research, Volume 41, Issue 2, e35, 2013. 5.Qi Liao, Hui Xiao, Ruoyu Miao, Guoguang Zhao, Haitao Luo, Dechao Bu, Haitao Zhao, Changning Liu, Yi Zhao* ncFANs: a web server for functional annotation of long non-coding RNAs. Nucleic Acids Research, Volume 41, Issue suppl 2,W118-W124, 2011. 6. Haitao Luo, Silong Sun, Ping Li, Dechao Bu, Haiming Cao and Yi Zhao*. (2013) Comprehensive Characterization of 10,571 Mouse Large Intergenic Noncoding RNAs from Whole Transcriptome Sequencing. PLoS ONE 8(8): e70835. doi:10.1371/journal.pone.0070835 7. Zhao Yi, Wang Jian, Chen Xiaowei, Luo Haitao, Zhao Yunjie, Xiao Yi, Chen Runsheng*. (2013) Large-scale study of long non-coding RNA functions based on structure and expression features. Sci China Life Sci.2013. 56(10), 953-959. 8. Haitao Luo, Dechao Bu, Liang Sun, Yi Zhao*.Computational methods to predict long noncoding RNA functions based on co-expression network. Methods In Molecular Biology. 2014 (Springer) 9. Xiaowei Chen, Haitao Luo, Yi Xiao, Yi Zhao, Runsheng Chen* De novo approach to classify protein-coding and non-coding transcripts by utilizing sequence intrinsic composition. Methods In Molecular Biology. 2014 (Springer) ----------------------------------------- 课程目录(共8节)|更多 •01长非编码RNA研究方法与前沿进展 •02转录组与长非编码RNA测序经典文章实例讲解 •03转录组与长非编码RNA测序实验流程、测序原理及基本名词解释 •04Reads回贴基因组及转录组测序总体评估 •05转录本构建与评估、长非编码RNA基因的鉴定 •06可变剪接、基因表达及样本间差异与特异基因分析 •07文章中常用图形绘制与UCSC genome browser使用 •08长非编码RNA网络构建及功能注释 老师介绍 赵屹从事生物信息学研究14年，在长非编码RNA领域及癌症基因组学研究有丰富的经验，... 罗海涛中国科学院计算技术研究所生物信息学专业，博士；以第一作者及共同作者发表SCI文... 卜德超 中国科学院计算技术研究所生物信息学专业，博士 课程报名地址：http://seq.ke.qq.com/ |
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