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Slotus5389木虫 (正式写手)
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[求助]
请问 下面的化学结构 电子云 模拟图 是什么软件？什么模块做的？ 谢谢 已有1人参与
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谢谢！如题 4314324.jpg |
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【答案】应助回帖
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Slotus5389: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 10:26:30
Slotus5389: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 10:26:30
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既然楼主不喜欢百度，那我代劳了 简介：专门作密度泛函计算的软件。现在的版本是ADF2004.01，ADF基于密度泛函理论(DFT)，主要应用于量子化学计算。广泛应用于医药化学，材料学等研究及应用领域。特别应用于同类和异类催化，无机化学，重元素化学，生物化学及多种光谱学。包括分子ADF程序，周期结构程序BAND(专门用于计算周期性体系(晶体，聚合物等))和图形用户界面程序GUI。 ADF: 功能概要：可应用于独立的分子，聚合物，胶块，固体，以及溶剂中和蛋白质环境中的分子。可处理周期表中所有的元素并包含处理重原子核的艺术级的相对论法（ZORA和自选轨道耦合）。ADF特别适用于过渡金属化合物。化学分析方法包括键能降解，碎片轨道和电荷降解。QM/MM工具可处理含有上万分子的蛋白质环境。ADF还包括最新的meta-GGA交换-相关函数和全系列标准函数。 功能总结： 1． 几何优化，过渡态，反应路径及红外频率的表征及计算 2． 分子性能测试的分析与表征。 3． 模拟溶剂，蛋白质及其它物化环境。 4． 强大的图形用户界面 5． 利用BAND进行聚合物，异类催化剂及大量结晶的研究 分析方法： 1． 利用碎片轨道结合生成最终分子轨道。 2． 键能分析。 3． 高级电荷密度分析 4． 利用分子对称性 5． 利用第三方分析软件 单点计算，几何优化，过渡态，频率和热动力学特性，跟踪反应路径，理论预测化学催化过程，计算任意电子组态，激发能和（超）极化率，使用含时密度泛函(TDDFT)理论（于1999年2002年分别加入到ADF模块和BAND模块中），NMR化学位移，激发能，超极化率，范德瓦尔斯系数，用QM/MM (量子力学/分子力学)混合近似处理大体系环境。ADF使用的全部是Slater型基组，不同于大多数量化软件使用的高斯基组。 2002版的基组库包含了Z=1-118号所有元素，而且对常见元素有不同尺寸的基组，从最小的到高质量的，并且对在ZORA近似中的相对论计算和需要附加弥散基函数的响应计算提供了特殊的基组。 模型哈密顿量 --选择一种密度泛函，局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA）。LDA包括Xonly，Xalpha，VWN和Stoll修正的VWN；GGA包括Pw91，Blyp，Lb94，以及2002版加入的PBE，RPBE，revPBE等。2002版新加入GRAC和SAOP交换相关势，能够改善LB94和BP的结果。最近流行的Meta-GGA交换相关泛函进行post-SCF处理能够获得标准G2计算的精度，也加入到2002版中。 --自旋：限制或非限制 --相对论效应：标量近似和自旋轨道（双群对称性），使用ZORA（推荐）或泡利原理（以前使用）。 --环境：溶剂影响，均匀电场，点电荷（Madelung场），QM/MM方法 分析 --在化学组成(空间相互作用、泡利排斥、轨道相互作用......)中键能的分解。 --数据的表示（分子轨道系数、穆里肯布居）， 按照分子中化学片段的组成以及传统的元素基函数表示。 --原子的电荷由Hirshfeld分析与Voronoi分析，以及经典穆里肯布居决定。 --功能强大的的图形用户界面ADF input，只用鼠标就能设置ADF非常复杂的计算，还可以显示分子。需要单独购买。 ADF 2004.01的新功能： 1. 改善了格点生成程序，更利于几何优化的收敛。某些在ADF 2003中很难收敛的几何优化计算，现在在十次迭代之内即可收敛。 2. TDDFT计算手性光学特性：圆二色性和旋光色散。新的方法实现了并行化，可以很简单地处理大分子。 3. Meta-GGA和混合交换-相关泛函（如B3LYP）。 4. 几何优化加入新的Hessian更新和坐标限制方法。 5. 到NBO 5.0的接口（需单独购买，仅提供给NBO用户）。 6. 默认的非限制计算打印S2的期待值，用于检查自旋污染。 7. 程序加速：更快的解析二阶导数；并行化的NMR和CPL（用于计算NMR自旋-自旋耦合常数）程序；Fock矩阵计算加速；BAND的TDDFT程序。 8. ADF-GUI新增模块：ADF spectra从TAPE21的信息显示不同类型的光谱：DOS，红外，以及光学光谱；ADF movie显示振动过程中的核移动，监视几何优化的进程。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了显示Raman和CD光谱的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的离散溶剂反应场(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek键级分析。 5. TDDFT支持开壳层分子的激发能计算和核电子激发的计算，包括自旋反转激发。还可以用含时流密度泛函理论(TDCDFT)计算激发能。 6. 几何优化加入线性标度技术。 7. 几何优化和过渡态搜索使用非定域化坐标，适于大体系和松弛体系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索过渡态。 9. 频率计算使用对称位移方法，可以只计算IR-可见频率。 10.新的交换关联势：XC势和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基组增加了对57-70号元素的支持。 12.对于H-Kr元素，对非相对论的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基组增加了弥散函数，用于TDDFT的激发能计算。 13.LDA势的解析二阶导数。 14.产生PDB文件。 15.更新了物理常数。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了显示Raman和CD光谱的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的离散溶剂反应场(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek键级分析。 5. TDDFT支持开壳层分子的激发能计算和核电子激发的计算，包括自旋反转激发。还可以用含时流密度泛函理论(TDCDFT)计算激发能。 6. 几何优化加入线性标度技术。 7. 几何优化和过渡态搜索使用非定域化坐标，适于大体系和松弛体系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索过渡态。 9. 频率计算使用对称位移方法，可以只计算IR-可见频率。 10.新的交换关联势：XC势和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基组增加了对57-70号元素的支持。 12.对于H-Kr元素，对非相对论的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基组增加了弥散函数，用于TDDFT的激发能计算。 13.LDA势的解析二阶导数。 14.产生PDB文件。 15.更新了物理常数。 平台：Compaq Alpha，HP，NEC IA64，IBM，SGI，PC linux (Pentium III, Pentium IV, Athlons)，Macintosh OS X，MS Windows。 |
4楼2014-11-24 16:31:52
Slotus5389
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3楼2014-11-24 11:38:11
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