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[求助]
NWchem 中QM/MM板块optimization问题
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小弟是新手，用的NWchem,QM/MM板块。最近在做一个体系的optimization，pdb文件在附件中。选择结构中的ATP做量化处理。但总是不成功，都一个月很头疼，希望哪位大神可以施以援手，不胜感激！！ pre.nw文件如下： start reac permanent_dir ./perm scratch_dir ./data charge -2 prepare source atp.pdb new_top new_seq new_rst center orient modify segment 952 quantum update lists ignore write reac_ref.rst write reac_ref.pdb end task prepare 优化输入opt.nw start reac permanent_dir ./perm scratch_dir ./data md system reac_ref end basis * library "6-31G" end dft xc b3lyp end qmmm bqzone 20.0 region qm mm maxiter 10 1000 ncycles 2 density espfit xyz foo end task qmmm dft optimize prepare read reac_ref.rst write reac_opt.pdb end task prepare .out输出文件错误 Memory utilization after 1st SCF pass: Heap Space remaining (MW): 0.00 0 Stack Space remaining (MW): 12.99 12989676 convergence iter energy DeltaE RMS-Dens Diis-err time ---------------- ----- ----------------- --------- --------- --------- ------ d= 0,ls=0.0,diis 1 -2625.3970221245 -6.58D+03 1.64D+01 1.78D+01 216.4 Nuclear repulsion energy = 3949.30625746002 Bq nuclear interaction energy = 5.09231130369664 WARNING: error on integrated density = 0.11D-05 greater than required accuracy of 0.10D-05 d= 0,ls=0.5,diis 2 -2282.8510692315 3.43D+02 4.07D+00 9.39D+02 247.5 Nuclear repulsion energy = 3949.30625746002 Bq nuclear interaction energy = 5.09231130369664 d= 0,ls=0.5,diis 3 -2366.4917083419 -8.36D+01 2.05D+00 7.69D+02 278.5 、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、、、、、 Nuclear repulsion energy = 3949.30625746002 Bq nuclear interaction energy = 5.09231130369664 d= 0,ls=0.5,diis 29 -192.8360685321 -2.07D+00 9.05D-02 7.95D+02 1084.8 Nuclear repulsion energy = 3949.30625746002 Bq nuclear interaction energy = 5.09231130369664 d= 0,ls=0.5,diis 30 -195.5449645017 -2.71D+00 1.25D+00 8.60D+02 1115.7 Nuclear repulsion energy = 3949.30625746002 Bq nuclear interaction energy = 5.09231130369664 Calculation failed to converge ------------------------------ 、、、、、、、、 、、、、、、、、 driver: task_gradient failed 0 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ current input line : 27: task qmmm dft optimize ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ There is an error related to the specified geometry ------------------------------------------------------------------------ For more information see the NWChem manual at http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation For further details see manual section: 0:0:driver: task_gradient failed:: 0 (rank:0 hostname:liaojl pid:5750):ARMCI DASSERT fail. armci.c:ARMCI_Error():260 cond:0 |
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- 附件 2 : atp.pdb
2014-11-10 18:55:02, 40.51 K
2014-11-10 18:57:57, 40.51 K
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