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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】用DISCOVER跑动力学输出文件怎么看
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胭脂。花开

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用DISCOVER跑动力学输出文件怎么看

我用DISCOVER放一个流体分子在材料中跑动力学，想找能量较低的点。
1、是看simulationenergy.xcd文件吗。。其中的蓝色线和红色线分别是什么意思，我想看吸附能应该看哪个。
2、另外我听说可以倒成EXCEL格式，是用上面我说的那个文件EXPORT成.csv吗？为什么其中的数值和图上的不一样？

3、这个动力学和Dmol3的动力学有什么不同?一般怎么选择呢？

呵呵。。问题多多。还请各位多多帮忙

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 17:08 ]
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1楼 2008-05-10 16:27:19
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢!欢迎常来计算模拟版!
Discover是分子动力学，Dmol3是第一性原理。他们一个是基于力场，为原子水平；另外一个是量子化学计算，为电子水平。
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出清水而不染
3楼2008-05-11 20:44:59
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢!欢迎常来计算模拟版!
1.看.xcd文件等于看结果统计数据，蓝色表示非键作用力，红色表示势能。你用动力学跑出来的是平衡状态的能量（设定了温度等等），而不是最低能量。
  吸附能是总能-两部分个体的能量吧，要自己算的

2. 导出为.c文件（comma-separated...）是可以的，用记事本打开就能看到对应的数据，copy到excel里然后识别调整一下即可，不过没什么用处吧，基本的分析结果都在.out里给了

3.俺也不知道，真不好意思
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不抛弃，不放弃
2楼2008-05-11 20:25:29
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胭脂。花开

铁虫 (初入文坛)
谢谢各位。。基本已经解决。。呵
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4楼2008-05-13 08:02:39
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