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hust220

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助blast已有1人参与

请问谁知道在本地计算机如何用blast算两条RNA序列之间的相似性,我已经安装好blast,但是不知道该用什么参数
我用blastn -task blastn-short -query seq1.fasta -subject seq2.fasta可以对seq1.fasta和seq2.fasta进行序列比对,比对的结果跟网页上的差不多,但是我现在想要的是两条序列整体之间的相似性,该怎么办呢?
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-04 18:52:12
Blast本身就是局部相似性比对工具,想知道整体相似性,应该是用全局比对的工具。DNAMAN、Clustal都可以进行全局比对。
2楼2014-11-04 16:30:03
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