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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求怎么用pymol来分析两个氨基酸序列对应的蛋白质结构的不同啊~
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fyzz

新虫 (初入文坛)

[求助] 求怎么用pymol来分析两个氨基酸序列对应的蛋白质结构的不同啊~ 已有2人参与

图像直观的能观察出来的那种...如果不能，能不能推荐个其他好用的软件啊~小弟跪谢~
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1楼 2014-10-28 19:09:05
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hust220

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-05 09:44:46
可以试试输入命令align pdb1, pdb2
pdb1和pdb2分别是两个pdb的名字
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2楼2014-11-04 14:43:50
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

1.用pymol同时打开这两个分子，都以Cartoon模式显示，再比对重叠（A >align  >to molecule,选中另外一个分子）；
2.显示这两个分子的氨基酸序列（窗口菜单>Display>Sequence 打勾），选择在两个分子上对应的氨基酸，标上不同Color，再把那个位置放大，就可以直观的看到相应位置的结构有什么不同了（对应的氨基酸 可以用以Sticks显示,并且标出篇号）
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3楼2014-11-20 11:15:28
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