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皓儿165

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于较大分子的结构优化

对于较大分子的结构优化,为了保证其优化结构的可靠性,我用了多个软件进行优化处理,最后再用高斯优化一次,但是我发现结果仍不太令人满意,有些分子结构有明显的对称性,但是我优化出来却不是对称的,而且有些键长本来该相等的,但我优化出来的也不相等。后来我又做了一些改进,在进行高斯优化前,我手动调节了一下它的结构,使其尽量趋于对称性,然后再用程序优化。但是手动并不严格,况且对于不同结构计算的能量也不同,请问有没有更好的办法使得优化结构更精确
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做个聪明优雅的女人
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gaohongmei128

金虫 (小有名气)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
你说的那种情况下很正常,对大分子,那样的结构也没问题,主要看优化正常结束了吗。
      用了多个软件进行优化处理,除了Gaussian还用的别的什么啊?我的体系也很大,很头疼
2楼2008-05-06 07:33:17
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
对于已知必须相等的键长或键角,就强制他们为同一个变量好了
聪明人知道自己是傻子,傻子以为自己是聪明人
3楼2008-05-06 08:25:07
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
引用回帖:
Originally posted by gaohongmei128 at 2008-5-6 07:33:
你说的那种情况下很正常,对大分子,那样的结构也没问题,主要看优化正常结束了吗。
      用了多个软件进行优化处理,除了Gaussian还用的别的什么啊?我的体系也很大,很头疼

正常结束并不代表优化结构的合理啊,比如平面的结构,优化正常结束后为非平面,这就不正确了啊……
4楼2008-05-06 09:31:47
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皓儿165

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2008-5-6 09:31:


正常结束并不代表优化结构的合理啊,比如平面的结构,优化正常结束后为非平面,这就不正确了啊……

我觉得也是,我的计算都是正常结束,但查看优化后的模型不对称,理论上应该是对称的,
做个聪明优雅的女人
5楼2008-05-06 09:45:05
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dongping001

木虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
这种情况不要偷懒用gs,学习一下内坐标的写法,在gs的molecular specification部分通过变量控制分子构型,对于对称性好的分子,在保证分子对称性的同时,还可以大大减少变量的数目,使计算速度跟快、更合理。
6楼2008-05-06 11:52:32
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dongping001

木虫 (正式写手)

即在对称性联系的方向上的一些参数,例如键角、键长、二面角用一个变量名,所以在这之前把分子对称性好好分析清楚
7楼2008-05-06 11:56:18
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gaochao85

铜虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
我觉得你应该先进行一定的结构简化  保持主要的基本不变化 优化好得到你想要得
然后还原回去
8楼2008-05-06 13:15:57
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皓儿165

铜虫 (正式写手)

谢谢楼上的各位啊
做个聪明优雅的女人
9楼2008-05-06 20:38:24
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红枫叶688

木虫 (小有名气)

10楼2008-06-05 17:08:44
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