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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 构造聚合物
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世外人yww

铁虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-24 09:41:07
先画出单体结构，首尾分别添加一个H原子，build polymer——repeat unit设定刚才两个原子为head atom和tail atom
build polymer —— current project选择刚才画的单体结构

谢谢你，(C3H5NO)n 这是聚丙烯酰胺，http://baike.baidu.com/view/193497.htm
感觉还是有些模糊，可以提供例子么？自己画聚合物的的例子，··
那个，build polymer —— current projec，没找到~~~~(>_<~~~~ ····
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11楼2014-10-26 23:50:34
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世外人yww

铁虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-24 08:44:12
http://baike.baidu.com/view/193497.htm
单体是不是这样的？

是的O(∩_∩)O~
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12楼2014-10-26 23:52:04
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pigrass

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11楼: Originally posted by 世外人yww at 2014-10-26 23:50:34
谢谢你，(C3H5NO)n 这是聚丙烯酰胺，http://baike.baidu.com/view/193497.htm
感觉还是有些模糊，可以提供例子么？自己画聚合物的的例子，··
那个，build polymer —— current projec，没找到~~~~(>_< ...

http://wenku.baidu.com/view/58e3513d0b4c2e3f5627630d.html
第30页 很多人学MS都是从这个教程起步的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
13楼2014-10-27 15:44:50
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世外人yww

铁虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-24 09:41:07
先画出单体结构，首尾分别添加一个H原子，build polymer——repeat unit设定刚才两个原子为head atom和tail atom
build polymer —— current project选择刚才画的单体结构

谢谢你，真的O(∩_∩)O~我找到了current
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14楼2014-10-28 23:38:50
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pigrass

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14楼: Originally posted by 世外人yww at 2014-10-28 23:38:50
谢谢你，真的O(∩_∩)O~我找到了current...

有空可以先看看那个百度文库的教程 对熟悉MS操作很有帮助的
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15楼2014-10-29 09:21:26
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世外人yww

铁虫 (初入文坛)
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15楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-29 09:21:26
有空可以先看看那个百度文库的教程 对熟悉MS操作很有帮助的...

那个基本看过了·····想问下，MS中的模块 mesocite是在怎么用的？   即要先做什么，先对分子做什么（可能是优化什么的），才可以使用这个模块来计算········
要是什么都不做，它会说No breads，，，，，求推荐教程
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16楼2014-10-29 23:45:08
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pigrass

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16楼: Originally posted by 世外人yww at 2014-10-29 23:45:08
那个基本看过了·····想问下，MS中的模块 mesocite是在怎么用的？   即要先做什么，先对分子做什么（可能是优化什么的），才可以使用这个模块来计算········
要是什么都不做，它会说No breads，，，， ...

这个建议你去看看ms自带的help，有这个模块的介绍和例子

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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17楼2014-10-30 06:16:46
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世外人yww

铁虫 (初入文坛)
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17楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-30 06:16:46
这个建议你去看看ms自带的help，有这个模块的介绍和例子
...

~~~~(>_<~~~~ 好吧，，，，英文·····哎，好的
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18楼2014-10-30 23:50:24
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豆豆sk8

银虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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17楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-30 06:16:46
这个建议你去看看ms自带的help，有这个模块的介绍和例子
...

大神好，看到好多帖子都有大神的回复，而且就近，所以赶紧咨询下我的问题：
1、我模拟的体系包含一个聚合物1700个单体，6000个甲醇分子，1000个醋酸乙烯分子，共约9000分子（聚合物按照单体算），80000个原子，这样的体系MS能计算么，我这边是用刀片算的；
2、我是要构造一个包含聚合物和分子的盒子，那么我的退火过程是应该在构建盒子之前还是先构建盒子再退火呢？
3、还有就是我看大家模拟过程中做MD都是先NVT后NPT或者先NPT后NVT，这两个哪个更准确一些呢，原理是什么呢？

望不吝赐教啊~~非常感谢~~
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Justskate
19楼2014-12-11 16:38:33
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+2, 感谢应助2 2014-12-12 08:03:39
引用回帖:
19楼: Originally posted by 豆豆sk8 at 2014-12-11 16:38:33
大神好，看到好多帖子都有大神的回复，而且就近，所以赶紧咨询下我的问题：
1、我模拟的体系包含一个聚合物1700个单体，6000个甲醇分子，1000个醋酸乙烯分子，共约9000分子（聚合物按照单体算），80000个原子，这 ...

这么大的体系我没做过 MS好像是有原子数限制的 你可以试试看 有可能超过MS的限制。如果可以建模，做好MD平衡时间长的准备。   退火一般是先建盒子再退火。  MD过程我比较倾向于先nvt最后npt。因为大多数是模拟的恒压体系

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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20楼2014-12-11 21:59:47
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