| 查看: 3977 | 回复: 3 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[求助]
UFF力场
|
||||
|
要用Sorptionj计算MOF吸附小分子，在UFF力场上修改参数，文献说把MOF及小分子视作刚性的，那么如何操作实现它的刚性呢？总不会是固定它们的原子坐标吧？ 我看力场文件中有这样的东西： PREFERENCES BONDS T ANGLES T COULOMB T INVERSIONS T TORSIONS T UREY_BRADLEY F STRETCH_STRETCH F SEPARATED_STRETCH_STRETCH F STRETCH_BEND_STRETCH F BEND_BEND F TORSION_STRETCH F TORSION_BEND_BEND F BEND_TORSION_BEND F STRETCH_TORSION_STRETCH F HYDROGEN_BONDS F DIAGONAL_VAN_DER_WAALS T OFF_DIAGONAL_VAN_DER_WAALS T GENERATE_UNDEFINED_TERMS T IGNORE_UNDEFINED_TERMS F NON-BONDED_3-BODY F SHRINK_CH_BONDS F SHRINK_CH_H_ATOM H__C SHRINK_CH_FACTOR 0.91500 SINGLE_TORSION F SCALE_TORSIONS_ABOUT_COMMON_BOND T SCALE_BY_N_DEFINED_TORSIONS T EXOCYCLIC_TORSIONS_SCALE_FACTOR 1.00000 SINGLE_INVERSION F H-BOND_METHOD SPLINE H-BOND_LIST T H-BOND_DIRECT_RCUT 4.00000 H-BOND_SPLINE_DISTANCE_ON 4.00000 H-BOND_SPLINE_DISTANCE_OFF 4.50000 H-BOND_SPLINE_ANGLE_ON 65.00000 H-BOND_SPLINE_ANGLE_OFF 75.00000 H-BOND_LIST_DISTANCE_OFF 6.50000 H-BOND_LIST_ANGLE_OFF 90.00000 NON_BOND_LIST T NON_BOND_BUFFER_DISTANCE 2.00000 H-BOND_BUFFER_DISTANCE 2.00000 COU_DIELETRIC_CONSTANT 1.00000000000000000 COU_INTER_CUT_OFF 14.00000 COU_SPLINE_OFF 14.00000 COU_SPLINE_ON 11.00000 EWALD_SUM_COU_ACCURACY 0.00100 EWALD_SUM_COU_ETA 2.50000 EWALD_SUM_COU_KCUT 0.50000 EWALD_SUM_COU_RCUT 6.00000 EWALD_SUM_COU_AUTO_OPT T COU_EXCLUDE_1-2 T COU_EXCLUDE_1-3 T COU_EXCLUDE_1-4 F COU_1-4_SCALE_FACTOR 1.00000 COU_METHOD SPLINE COU_DIRECT_CUT-OFF 11.00000 VDW_COMBINATION_RULE GEOMETRIC VDW_INTER_CUT_OFF 14.00000 VDW_EXCLUDE_1-2 T VDW_EXCLUDE_1-3 T VDW_EXCLUDE_1-4 F VDW_1-4_SCALE_FACTOR 1.00000 VDW_METHOD SPLINE VDW_SPLINE_ON 11.00000 VDW_SPLINE_OFF 14.00000 EWALD_SUM_VDW_AUTO_OPT T EWALD_SUM_VDW_ACCURACY 0.00100 EWALD_SUM_VDW_ETA 2.50000 EWALD_SUM_VDW_KCUT 0.50000 EWALD_SUM_VDW_RCUT 6.00000 EWALD_SUM_VDW_REP_CUT 6.00000 FAST_EWALD_SUM_RATIO 10.00000 SLOW_EWALD_SUM_RATIO 5.00000 MINIMUM_IMAGE F ASSIGN_MASS T ASSIGN_CHARGE F ASSIGN_HYBRIDIZATION T ATOM_TYPE T ATOM_TYPE_ALL T CALCULATE_BOND_ORDER T 求高手解答如何把MOF和小分子刚性化处理 |
回复此楼» 猜你喜欢
材料求调剂 一志愿哈工大总分298分，前三科223分
已经有5人回复
-
085600 286分 材料求调剂
已经有6人回复
-
086502化学工程342求调剂
已经有4人回复
-
材料求调剂一志愿哈工大324
已经有7人回复
-
328求调剂
已经有7人回复
-
340求调剂
已经有5人回复
-
一志愿南昌大学324求调剂
已经有4人回复
-
求调剂推荐 材料 304
已经有15人回复
-
291求调剂
已经有19人回复
-
331环境科学与工程求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2014-10-24 21:20:35
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
http://www.docin.com/p-462693767.html 刚性大概是这么个意思 MOF设置刚性没问题，找找MS里的constraints功能，可以限定原子坐标 我个人觉得不应该把吸附的小分子设置刚性，小分子在吸附过程中是会运动的，寻找各状态下能量最低的吸附点 |
2楼2014-10-24 09:37:55
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
4楼2014-10-25 00:38:10
