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UFF力场
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要用Sorptionj计算MOF吸附小分子，在UFF力场上修改参数，文献说把MOF及小分子视作刚性的，那么如何操作实现它的刚性呢？总不会是固定它们的原子坐标吧？ 我看力场文件中有这样的东西： PREFERENCES BONDS T ANGLES T COULOMB T INVERSIONS T TORSIONS T UREY_BRADLEY F STRETCH_STRETCH F SEPARATED_STRETCH_STRETCH F STRETCH_BEND_STRETCH F BEND_BEND F TORSION_STRETCH F TORSION_BEND_BEND F BEND_TORSION_BEND F STRETCH_TORSION_STRETCH F HYDROGEN_BONDS F DIAGONAL_VAN_DER_WAALS T OFF_DIAGONAL_VAN_DER_WAALS T GENERATE_UNDEFINED_TERMS T IGNORE_UNDEFINED_TERMS F NON-BONDED_3-BODY F SHRINK_CH_BONDS F SHRINK_CH_H_ATOM H__C SHRINK_CH_FACTOR 0.91500 SINGLE_TORSION F SCALE_TORSIONS_ABOUT_COMMON_BOND T SCALE_BY_N_DEFINED_TORSIONS T EXOCYCLIC_TORSIONS_SCALE_FACTOR 1.00000 SINGLE_INVERSION F H-BOND_METHOD SPLINE H-BOND_LIST T H-BOND_DIRECT_RCUT 4.00000 H-BOND_SPLINE_DISTANCE_ON 4.00000 H-BOND_SPLINE_DISTANCE_OFF 4.50000 H-BOND_SPLINE_ANGLE_ON 65.00000 H-BOND_SPLINE_ANGLE_OFF 75.00000 H-BOND_LIST_DISTANCE_OFF 6.50000 H-BOND_LIST_ANGLE_OFF 90.00000 NON_BOND_LIST T NON_BOND_BUFFER_DISTANCE 2.00000 H-BOND_BUFFER_DISTANCE 2.00000 COU_DIELETRIC_CONSTANT 1.00000000000000000 COU_INTER_CUT_OFF 14.00000 COU_SPLINE_OFF 14.00000 COU_SPLINE_ON 11.00000 EWALD_SUM_COU_ACCURACY 0.00100 EWALD_SUM_COU_ETA 2.50000 EWALD_SUM_COU_KCUT 0.50000 EWALD_SUM_COU_RCUT 6.00000 EWALD_SUM_COU_AUTO_OPT T COU_EXCLUDE_1-2 T COU_EXCLUDE_1-3 T COU_EXCLUDE_1-4 F COU_1-4_SCALE_FACTOR 1.00000 COU_METHOD SPLINE COU_DIRECT_CUT-OFF 11.00000 VDW_COMBINATION_RULE GEOMETRIC VDW_INTER_CUT_OFF 14.00000 VDW_EXCLUDE_1-2 T VDW_EXCLUDE_1-3 T VDW_EXCLUDE_1-4 F VDW_1-4_SCALE_FACTOR 1.00000 VDW_METHOD SPLINE VDW_SPLINE_ON 11.00000 VDW_SPLINE_OFF 14.00000 EWALD_SUM_VDW_AUTO_OPT T EWALD_SUM_VDW_ACCURACY 0.00100 EWALD_SUM_VDW_ETA 2.50000 EWALD_SUM_VDW_KCUT 0.50000 EWALD_SUM_VDW_RCUT 6.00000 EWALD_SUM_VDW_REP_CUT 6.00000 FAST_EWALD_SUM_RATIO 10.00000 SLOW_EWALD_SUM_RATIO 5.00000 MINIMUM_IMAGE F ASSIGN_MASS T ASSIGN_CHARGE F ASSIGN_HYBRIDIZATION T ATOM_TYPE T ATOM_TYPE_ALL T CALCULATE_BOND_ORDER T 求高手解答如何把MOF和小分子刚性化处理 |
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3楼2014-10-24 21:20:35
pigrass
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http://www.docin.com/p-462693767.html 刚性大概是这么个意思 MOF设置刚性没问题，找找MS里的constraints功能，可以限定原子坐标 我个人觉得不应该把吸附的小分子设置刚性，小分子在吸附过程中是会运动的，寻找各状态下能量最低的吸附点 |
2楼2014-10-24 09:37:55
pigrass
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4楼2014-10-25 00:38:10