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写了一个处理TDDFT结果的小程序，欢迎大家下载使用，捉虫找茬！
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因为我和我的两个师弟经常用Gaussian09做td计算，所以国庆期间就用python 2.7写了一个处理Gaussian09算出来的TDDFT结果的小程序，欢迎大家下载使用，更欢迎捉虫找茬！^_^ 用法非常简单。我在压缩包里给了两个例子，分别是开壳层和闭壳层的TDDFT计算结果。 （1）如果你是在win下，直接把压缩包解开，双击里面的TD-Analy.exe，直接把你要处理的TDDFT计算结果文件拖进对话框里，直接回车，然后就等着程序运行结束就行，很简单吧。 （2）如果你是在linux下，首先保证你的高斯09可以正常运行，然后保证你的系统里有python（这个应该是各大发行版的标配吧），如果你要处理的TDDFT结果文件叫x.log，那么就输入python (Path1)/TD-Analy.py (Path2)/x.log > (Path2)/x.result &，然后就等着程序运行结束就行。 如果你在win下，想先看看效果，可以打开example文件夹，把里面的ClosedShell.log这个文件直接拖进对话框里，直接回车，程序会显示以下信息 首先给出的是各个跃迁的详细情况，这第一个态-态跃迁，分别显示跃迁波长、振子强度、激发能、光捕获效率，以及把该态-态跃迁分割为轨道-轨道跃迁之后，各跃迁的比例。可以看到各个跃迁总贡献之和不等于100%。这是高斯的显示误差。如果要降低这种误差，应该在命令行中加iop(9/40=2)甚至iop(9/40=3)。这里只给出第一个跃迁来，后四个跃迁略了。 跃迁显示完了，就要计算这些跃迁涉及到的分子轨道了。我这儿一共五个态-态跃迁，总共涉及7个轨道，依次计算之 然后就计算各个跃迁所导致的电子密度转移LIET。五个跃迁，就有五个LIET，那就要用五个cube来存储。顺便给出计算公式。这儿只给出第一个跃迁，其他四个略 运行完毕后你会发现一个文件夹，这个文件夹就直接以你输入的log文件的文件名命名。对于这个例子来说，文件夹内就有7个轨道cube文件和5个电子转移cube文件咯。 整个计算过程大概会耗用五六十秒吧（没掐过表o(╯□╰)o）每一个耗时的地方都有进度条，比如这个 在win下，全部计算过程也就一分钟，所以进度条感觉不到存在的价值。但是，我这个测试的例子，openshell就是个甲基，closedshell就是个甲烷分子，体系小当然算得快。如果你的体系中有几百个原子，几千个基函，那就让进度条慢慢陪你聊天儿吧。当然，体系如果真这么大，linux和大任务更配哦 我师弟正在centos6中，用这个程序处理他的计算结果。他的体系有一两百个原子，2000-4000个基函，每个体系算了150-200个态-态跃迁，每个态-态跃迁动辄就是十几个甚至几十个轨道-轨道激发，还有轨道-轨道逆激发，这样一来，程序运行时间就增加到了30-60min了（毕竟是python写的，忍忍吧，就是慢嘛，即使是linux） 给大家看看大体系的进度条，俺在师弟的屏幕上就看到了如此恐怖的一幕。顺便说下，他这个任务运行完毕后，程序居然写了102个轨道cube文件和200个电子密度转移cube文件。突然觉得俺这个程序还是很能替代人手苦力的。 你把计算结果（那些cube文件们）用gaussview打开，截个屏，就可以得到类似于J. Phys. Chem. A 2012, 116, 6785这篇文章中的Table1中的全部结果了。如果得到Table1中的全部结果，那么也可以很容易画出Figure5中的画儿了。 对OpenShell.log这个文件的测试同上。 注意1，虽然没有让用户输入fchk文件，但是程序在运行过程中会需要相应的fchk文件。所以，如果你有一个叫做xxx.log的文件要处理，就要在同一文件夹中提供xxx.fchk哦。 注意2，这个程序调用了gaussian09的cubegen。不知道合乎法律么？？？ 暂且叫它TD-Analy Program (v 0.1)吧 版主呀，虫友们呀，给俩金币打发打发我吧，最近穷死了 使用中发现任何问题，任何建议，都可以通过qdd-china@foxmail.com找我，谢谢大家捉虫子找茬子[ Last edited by yjcmwgk on 2014-10-9 at 07:48 ] 帖子已经不让编辑了。我追加一个说明 捉了几只虫子，改进后的程序在这儿 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8013591 [ Last edited by yjcmwgk on 2014-12-3 at 08:23 ] |
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- 附件 2 : Win下可直接运行的exe文件，当然也有Python源码，还有两个例子.zip
2014-10-07 21:01:18, 18.8 K
2014-10-07 21:01:26, 5.56 M
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