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jintao22058

新虫 (初入文坛)

[求助] EST 已有2人参与

请问我已知棉花的一段EST序列，可以通过什么方法来找到它的全长或者CDS序列那。谢谢大家啦！！！
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1楼 2014-10-07 21:15:36
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焃__麟

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jintao22058(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-08 08:42:21
该基因已知的话去搜索，
该基因未知但已知该作物基因组序列的话就跟自己比对，推测下可能的序列然后设计引物PCR，
不知道的话就跟模式植物比对，然后设计简并引物PCR
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行到水穷处，坐看云起时
2楼2014-10-07 22:26:11
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jintao22058

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 焃__麟 at 2014-10-07 22:26:11
该基因已知的话去搜索，
该基因未知但已知该作物基因组序列的话就跟自己比对，推测下可能的序列然后设计引物PCR，
不知道的话就跟模式植物比对，然后设计简并引物PCR

该基因未知，棉花基因组序列已有，那我应该通过什么具体的方法去找出它的全长？谢谢指教啦！
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3楼2014-10-09 15:06:24
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焃__麟

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

用已知序列跟自己blast，试着找起始密码子和终止密码子（DNA比较费劲，有内含子，最后cDNA序列已知）或者用一些基因预测软件预测，找出5‘端和3’端，我现在也是同样的状况，各种PCR相当闹心拿不到3‘端
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行到水穷处，坐看云起时
4楼2014-10-09 17:38:24
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
基因组都知道了，先去看看你EST这段有没有标注，exon什么的，这样简单很多
啥也没有的话，只有RACE，3’和5‘都做
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5楼2014-10-10 19:54:33
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