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wangchen1995

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何建立很多个组装的刚体颗粒?

目的:在一个直径为10的有质量的大颗粒上添加两个没有质量的小颗粒,小颗粒的位置在半径4.5处。主要用来粗粒化模拟的。

units                  lj
atom_style          sphere
atom_modify   map array
dimension          3
boundary      p p p

lattice                  custom 0.001 a1 1 0 0 a2 0 1 0 a3 0 0 1 basis 0 0 0
region                  box block -19 19 -19 19 -19 19
create_box    2 box

molecule      particle molecule.particle
region        s_box block 0 11 0 11 0 11
create_atoms  0 region s_box mol particle 1995
fix           1 all rigid/small molecule mol particle
但是会显示requires atom attribute molecule。不是创建molecule的时候,自然而然的就把这原子归属于特定的分子了吗?如果,不是的,希望问一下怎么解决。


#The rigid particle is defined here.

3     atoms
1     mass
0 0 0 com

Coords

1    0 0 0
2 -4.5 0 0
3  4.5 0 0

Types

1 1
2 2
3 2

Diameters

1 10
2 1
3 1
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