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wangchen1995

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 3244839
注册: 2014-05-30
专业: 生物力学

[求助] 如何建立很多个组装的刚体颗粒？

目的：在一个直径为10的有质量的大颗粒上添加两个没有质量的小颗粒，小颗粒的位置在半径4.5处。主要用来粗粒化模拟的。

units    lj
atom_style    sphere
atom_modify map array
dimension    3
boundary    p p p

lattice    custom 0.001 a1 1 0 0 a2 0 1 0 a3 0 0 1 basis 0 0 0
region    box block -19 19 -19 19 -19 19
create_box 2 box

molecule    particle molecule.particle
region       s_box block 0 11 0 11 0 11
create_atoms  0 region s_box mol particle 1995
fix          1 all rigid/small molecule mol particle
但是会显示requires atom attribute molecule。不是创建molecule的时候，自然而然的就把这原子归属于特定的分子了吗？如果，不是的，希望问一下怎么解决。

#The rigid particle is defined here.

3    atoms
1    mass
0 0 0 com

Coords

1 0 0 0
2 -4.5 0 0
3  4.5 0 0

Types

1 1
2 2
3 2

Diameters

1 10
2 1
3 1

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