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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 自由体积

初学分子模拟,有一些关于自由体积的问题想要向各位大侠请教!
我在模拟苯酚、水分子在聚合物中的扩散过程,cell由聚合物及一定量的苯酚、水分子组成,经过能量最小化与分子动力学之后,想要对自由体积进行分析,我想问的是,用MS计算自由体积的时候,是否需要先将苯酚及水分子隐藏那?我看的一些模拟的文章里面并没有明确的提到。隐藏之后计算的是聚合物孔道的自由体积,如果不隐藏的话计算的应该是聚合物孔道被苯酚、水分子占据后的自由体积吧?
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

自己顶一下!对比发现隐藏苯酚、水分子前后,自由体积数值相同。但是如果想要分析膜结构的话,自由体积应该只是膜链段占据体积之外的那部分体积吧?也就是说自由体积应该包括苯酚和水占据的那部分体积吧?
还请各位大侠指点一下!!非常感谢!
2楼2014-10-08 15:24:20
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