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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 计算扩散系数
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Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

感谢您的回复，我做的是第一性原理的vasp，模拟的体系较小，现在遇到了生成的数据不会处理的问题，XDATCAR保留了每一步模拟的结构我想根据这个结构的数据求出他的MSD不知道您是否知道有哪些软件可以做这个事情
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21楼2015-12-28 10:18:53
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Awcse

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

感谢您的回复，我做的是第一性原理的vasp，模拟的体系较小，现在遇到了生成的数据不会处理的问题，XDATCAR保留了每一步模拟的结构我想根据这个结构的数据求出他的MSD不知道您是否知道有哪些软件可以做这个事情
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22楼2016-01-04 22:32:19
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Awcse

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

感谢您的回复，我做的是第一性原理的vasp，模拟的体系较小，现在遇到了生成的数据不会处理的问题，XDATCAR保留了每一步模拟的结构我想根据这个结构的数据求出他的MSD不知道您是否知道有哪些软件可以做这个事情
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23楼2016-01-05 09:16:38
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Awcse

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

感谢您的回复，我做的是第一性原理的vasp，模拟的体系较小，现在遇到了生成的数据不会处理的问题，XDATCAR保留了每一步模拟的结构我想根据这个结构的数据求出他的MSD不知道您是否知道有哪些软件可以做这个事情
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24楼2016-01-10 14:28:36
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Awcse

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

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25楼2016-01-10 23:12:27
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

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26楼2016-01-11 09:03:33
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Awcse

新虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

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27楼2016-01-12 09:24:17
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青大柯尔斯滕

新虫 (正式写手)
你好，我想请问一下，跑分子动力学的时候，240K的初试结构是不是应该是230K的最后一帧？还是说优化过了的结构可以直接进行不同温度下的分子动力学的模拟？

发自小木虫Android客户端
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28楼2016-04-25 17:47:59
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lsloneil at 2014-10-01 13:25:26
聚合物中如果有孔洞的话，严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况，这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话，采集到的MSD只是粒子在某个 ...

你好，我想问一下，关于没时间的问题，我也是扩散系数，体系比较小，几千个分子，我之前分别跑了200ps和300ps，如果我想要跑到1ns的话是不是再跑500ps就可以了，还是要重新跑1ns啊？
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NAFION
29楼2016-04-25 21:18:39
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 韩旭辉 at 2016-04-25 01:18:39
你好，我想问一下，关于没时间的问题，我也是扩散系数，体系比较小，几千个分子，我之前分别跑了200ps和300ps，如果我想要跑到1ns的话是不是再跑500ps就可以了，还是要重新跑1ns啊？...

如果你300 ps的轨迹是接着你的200 ps的轨迹，那么可以接着你的300 ps的轨迹再跑500 ps.
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30楼2016-04-25 23:13:33
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