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木头007

金虫 (初入文坛)

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[交流] gromacs安装成功后所遇到的问题

安装gromacs-4.6.1十数天，最近终于安装成功，先安装了cuda5.5、更新驱动，（电脑配置较低），后按以下步骤安装：
已经正确安装软件 freeglut 和 g++。

安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下：
参考博文：http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261
由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。

使用的软件包：

         openmpi-1.6.5.tar.gz
         cmake-2.8.9.tar
         gromacs-4.6.5.tar.gz

1.  在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下；

2.  在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 目录，用于安装相应文件；

3.  安装及配置openmpi
# cd
# cd gromacs
# tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
# cd openmpi-1.6.5
# ./configure --prefix=/opt/openmpi
      由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。
# sudo make
# sudo make install
   这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五个子目录。

关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。

6.  安装 cmake
# cd
# cd gromacs
# tar xvf cmake-2.8.9.tar
# cd cmake-2.8.9
# ./bootstrap
# sudo make
# sudo make install

7.  安装 gromacs
# cd ..
# tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz
# cd gromacs-4.6.5

# mkdir build
# cd build
# sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
#  make
# sudo make install
#source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
然后，我下载了一个pdb文件‘1AKI.pdb’，参照‘gromacs tutorial’里的步骤运行，发现：我只有将pdb文件放到上面所建的‘build’文件夹，然后再在上面安装成功的终端里输入：pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce ;可以运行。如果在新建的终端里输入：pdb2gmx，却提示：程序“pdb2gmx” 尚未安装。提示安装gromacs。
这是什么原因类？？？
求大神解答。

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慢慢的····慢慢的···

1楼2014-09-29 09:17:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cuoce

木虫 (小有名气)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

我想用cygwin安装gromacs，安装过程如下：
将安装包拷贝到了home/xing里面；
tar xvzf cmake-3.6.2.tar.gz
cd cmake-3.6.2
./bootstrap

运行一段时间之后出现如下问题：
CMake Error: Could not find CMAKE_ROOT !!!
CMake has most likely not been installed correctly.
Modules directory not found in
/home/xing/cmake-3.6.2
CMake Error: Error executing cmake::LoadCache(). Aborting.

---------------------------------------------
Error when bootstrapping CMake:
Problem while running initial CMake
---------------------------------------------
请问这个问题该如何解决啊？网上看了很多教程，说是什么安装路径选择不对，这方面没有经历，请问怎么弄呀，谢谢啦。