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wang4681060铁虫 (小有名气)
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我做了个blast，m8格式，我想从blast结果里提取query-start到query-end这一段query序列，求大神帮写个perl代码，不甚感激！！！ Contig203 gi|157325286|ref|YP_001468706.1|_TerL_Listeria_phage_B054 27.83 503 341 14 1255 2697 5 469 9e-58 201 就是从Contig203中提取1255到2697这一段序列，输出 >Contig203-gene_1 序列 第二个提取的序列>ContigXXX-gene_2 |
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wang4681060
铁虫 (小有名气)
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3楼2014-09-30 14:03:31
wizardfan
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【答案】应助回帖
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-09-30 12:36:29
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-09-30 12:36:29
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基本思路 1. 读取fasta文件，存入一个hash，key为contig***, value为具体序列 2. 读取blast 结果文件 每行 my ($id, undef, undef, undef, undef, undef, undef, $start, $end) = split("\t", $line) 3. 获得序列 $seq = $hash{$id}; my $result = substr ($seq, $start, $end-$start+1); |
2楼2014-09-30 06:25:28
