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MS-LAMMPS
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| 初始构型是用MS构建的晶胞，通过AC模块之后，导出坐标键角等信息运行LAMMPS，但是由于是聚合物长链，有很多原子处于盒子边界外面（由于预设密度，盒子体积一定），所以运行LAMMPS时出错，Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld（cutoff是根据文献设定的），或者Out of range atoms - cannot compute PPPM（neigh_modify命令已用。请问处于盒子外面的原子该如何处置呢，试过nvt和npt都不行 |
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2楼2015-11-15 14:20:01