24小时热门版块排行榜    

查看: 774  |  回复: 1

飞利白

新虫 (初入文坛)

[求助] MS-LAMMPS

初始构型是用MS构建的晶胞,通过AC模块之后,导出坐标键角等信息运行LAMMPS,但是由于是聚合物长链,有很多原子处于盒子边界外面(由于预设密度,盒子体积一定),所以运行LAMMPS时出错,Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld(cutoff是根据文献设定的),或者Out of range atoms - cannot compute PPPM(neigh_modify命令已用。请问处于盒子外面的原子该如何处置呢,试过nvt和npt都不行
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小讨厌123

新虫 (小有名气)

请问楼主问题解决了吗 ? 我最近也遇到了这样的问题,请问能否指点一下
相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论
2楼2015-11-15 14:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 飞利白 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 化学B02口青基 代表作都是什么水平的?向大佬求助 +8 arthas_007 2024-06-01 10/500 2024-06-01 22:05 by photocatalysis
[硕博家园] 每到中夜,情难自抑 +33 sioc-sunj 2024-05-28 57/2850 2024-06-01 21:39 by chemhua
[基金申请] 化学口B0109(高分子合成),拿青年基金一般需要怎样的文章水平? +13 salmon95 2024-05-30 22/1100 2024-06-01 21:22 by salmon95
[硕博家园] 各位同学能否分享一下实验室的学生劳务发放标准呀? +18 ma3252788 2024-05-30 18/900 2024-06-01 17:02 by 落雨风霜
[硕博家园] 讨厌酒桌文化 +6 hahamyid 2024-05-31 6/300 2024-06-01 09:03 by lizhiweiouc
[教师之家] 选择 +6 459582015 2024-05-31 6/300 2024-06-01 07:32 by otani
[基金申请] 讨论贴:好本子一定会被打招呼的淘汰吗 +36 ioe3937 2024-05-27 46/2300 2024-05-31 22:06 by wanghuawei
[考博] 广东以理材料系碳点与功能材料课题组 — 2博士名额 / 科研助理 +4 小城夜很美 2024-05-27 11/550 2024-05-31 21:26 by 小城夜很美
[论文投稿] 纠结选哪一个期刊,电化学领域 50+8 Freya163 2024-05-28 10/500 2024-05-31 15:09 by wzykobe
[基金申请] 离职后国自然项目不能变更单位,在新单位还能申请新的国自然项目吗 5+3 宜兰 2024-05-31 6/300 2024-05-31 12:05 by felicity6056
[硕博家园] 求问endnote上Wiley引用格式在哪下载 +3 Elon. 2024-05-30 3/150 2024-05-31 10:13 by crazy peng
[基金申请] 入职高校3年发表10+SCI,尽人事听天命 +29 kaoyan250 2024-05-27 40/2000 2024-05-31 08:44 by Xiaolin81
[材料综合] 真空封石英管 北京 +4 dessha 2024-05-29 5/250 2024-05-30 16:40 by mpdfwxgui
[有机交流] 液相纯度高,但产品析不太出来 10+4 cui19236 2024-05-27 9/450 2024-05-30 07:45 by yuanjijoy
[硕博家园] 又想换工作 +15 brightmj 2024-05-27 20/1000 2024-05-29 23:25 by zyqchem
[论文投稿] 真急着毕业,CPB主编终审17天了,邮件催稿了两次,就是一点动静没有 5+3 kkkk夏 2024-05-28 6/300 2024-05-29 11:18 by hitsdu
[论文投稿] EI学报,一审返修后,为啥不再送审,直接终审中? +4 qweasd12345 2024-05-27 6/300 2024-05-29 00:02 by dut_ameng
[基金申请] E10开始送了,希望有好运 +5 sail 2024-05-27 5/250 2024-05-28 18:36 by 芝小芝
[论文投稿] EI期刊审稿人邮箱问题 5+3 shier妈妈 2024-05-27 4/200 2024-05-28 14:53 by topedit
[基金申请] 面上基金会评专家,有回避机制吗? +4 huang1991js 2024-05-27 4/200 2024-05-27 19:08 by 星火12
信息提示
请填处理意见