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zhaohuxian木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】关于在优化过程中冻结坐标
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若若的问一下，用高斯进行几何结构的优化，仅仅想优化结构中的一部分，另外的不想懂，怎么才能冻结不想优化部分的坐标？ 谢谢！！！ |
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4楼2008-04-22 22:10:37
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小红豆(金币+3,VIP+0):huida xinku
小红豆(金币+3,VIP+0):huida xinku
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你用那坐标的话 把想要固定的原子的编号挨在一起比如从1开始到10吧然后在gif文件里面单独拿出来空行放在一起既可以了 下面是例子 我用的 Au Au 1 B1 Au 2 B2 1 A1 X 1 B3 2 A2 3 D1 S 4 B4 1 A3 2 D2 Au 5 B5 4 A4 1 D3 Au 6 B6 5 A5 4 D4 Au 7 B7 6 A6 5 D5 X 6 B8 5 A7 4 D6 S 9 B9 6 A8 5 D7 C 5 B10 4 A9 1 D8 C 11 B11 5 A10 4 D9 C 11 B12 5 A11 4 D10 C 12 B13 11 A12 5 D11 H 12 B14 11 A13 5 D12 C 13 B15 11 A14 5 D13 H 13 B16 11 A15 5 D14 C 14 B17 12 A16 11 D15 H 14 B18 12 A17 11 D16 H 16 B19 13 A18 11 D17 C 11 B20 5 A19 4 D18 C 21 B21 11 A20 5 D19 C 21 B22 11 A21 5 D20 C 22 B23 21 A22 11 D21 H 22 B24 21 A23 11 D22 C 23 B25 21 A24 11 D23 H 23 B26 21 A25 11 D24 C 24 B27 22 A26 21 D25 H 24 B28 22 A27 21 D26 H 26 B29 23 A28 21 D27 B10 4.61106153 B11 1.41087840 B12 1.41100423 B13 1.38873201 B14 1.08552646 B15 1.38870337 B16 1.08563124 B17 1.41046588 B18 1.08552736 B19 1.08563506 B20 1.54000000 B21 1.39482907 B22 1.39513795 B23 1.39515999 B24 1.09961031 B25 1.39482508 B26 1.09976099 B27 1.39471206 B28 1.09965530 B29 1.09968011 A9 178.34777156 A10 59.22993911 A11 59.31356490 A12 120.76041591 A13 119.36581094 A14 120.70082955 A15 119.42637427 A16 120.70746247 A17 119.88659986 A18 119.85620170 A19 179.56922892 A20 120.00799706 A21 119.99197538 A22 119.99845676 A23 120.00431982 A24 120.00470461 A25 119.98395040 A26 120.00863255 A27 119.98077056 A28 120.02485842 D8 -89.93559502 D9 165.32229102 D10 -15.18742336 D11 0.34385405 D12 -179.50199637 D13 -0.28713697 D14 179.53921865 D15 -0.07084502 D16 -179.83770226 D17 179.77933479 D18 80.63753472 D19 -129.28038592 D20 50.69390796 D21 179.98907146 D22 -0.00554931 D23 179.98809616 D24 0.00000000 D25 0.03255589 D26 179.95335178 D27 -179.95632621 B1 2.88400000 B2 2.88399604 B3 1.66491059 B4 2.34100000 B5 13.21104383 B6 2.88400004 B7 2.88399606 B8 1.66491059 B9 2.34099930 A1 60.00004633 A2 30.00026635 A3 89.34523900 A4 172.29638909 A5 82.46550724 A6 60.00004484 A7 81.27649259 A8 91.62132901 D1 0.00000000 D2 -88.57956969 D3 -12.78993915 D4 -136.96767706 D5 -85.59047347 D6 -167.25582713 D7 -0.02831854 |
2楼2008-04-22 16:51:54
3楼2008-04-22 21:13:52
lixiaona158
木虫 (著名写手)
自由人
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- 专业: 理论和计算化学
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suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来计算模拟版！
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来计算模拟版！
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也来参与一下，我用过的方法是把不想优化的地方用常数来代替： -4 1 S S 1 5.51606490 S 2 5.58916620 1 87.84985736 S 3 5.45812109 2 90.22327784 1 16.16631896 S 1 B4 2 A3 3 D2 S 2 B5 1 A4 5 D3 S 3 B6 2 A5 1 D4 S 3 B7 2 A6 1 D5 O 1 B8 5 A7 4 D6 O 1 B9 9 A8 2 D7 B4 5.36797537 B5 5.40845215 B6 5.36873796 B7 5.43721971 B8 1.42848606 B9 1.44498535 B10 1.45385312 B11 1.44895550 B12 1.44143493 B13 1.43559141 B14 1.44865987 。。。。。。。。 楼主也可以参考下。 |
5楼2008-04-23 09:18:31
