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微蓝雨

银虫 (初入文坛)

[求助] 细菌鉴定 已有1人参与

我筛选到了一株细菌,16S序列对比相似度均低于97%,接下来想进一步做一些鉴定,但参考菌株的选择很迷惑,16S鉴定里序列对比虽然都低于97%,但96%的也是一二十株,难道这些都要挑选出来构建进化树,并做一些生理生化对比试验吗?好多文章中都是挑取几株相似度高的进行进一步的鉴定,我想知道是如何挑选的?
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snoopytbw

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【答案】应助回帖

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微蓝雨: 金币+5, 有帮助 2014-09-23 20:44:45
16S要做多区比对的,几个区都去比比看,另外 要做功能群分析,也就是大体上分出他是具有什么功能的,文献里面都有,看你什么环境分离到的,有几种选择。做完知道是什么功能群之后再选择该功能群相似的菌做比对,且要做关键生化试验、形态学鉴定,染色、脂肪酸分析,等等。越详细越好。。。。不然没法确定是新菌株,上报到数据库的话才有说服力
2楼2014-09-15 16:44:35
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