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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 怎样吧ms建的模型转换成xyz格式------------没怎么有金币，意思意思
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ou-zhang

铁虫 (初入文坛)

[求助] 怎样吧ms建的模型转换成xyz格式------------没怎么有金币，意思意思 已有1人参与

请教各位有才识的虫友们，怎样把ms的转成xyz，然后又导入到vnl里。或者是怎样用ms建模，用atk进行计算
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1楼 2014-09-12 11:00:18
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枫寒

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-09-15 07:46:47
将所建模型导出为.cif文件即可。然后打开文件就能看到每个原子的左标了。
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2楼2014-09-12 13:48:29
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枫寒

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 与狼共舞701 at 2014-10-30 09:40:49
你好 请问怎么导出cif文件啊，ms导出的文件类型选项里没有cif选项啊？
导出来我自己改成cif文件后，用什么方式打开啊，是记事本吗？...

File-export-保存类型（crystallographic information file）
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4楼2014-10-30 10:12:49
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没落的华丽

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 与狼共舞701 at 2014-10-30 09:40:49
你好 请问怎么导出cif文件啊，ms导出的文件类型选项里没有cif选项啊？
导出来我自己改成cif文件后，用什么方式打开啊，是记事本吗？...

我的方法是导出.pdb　，使用UltraEdit　打开，楼上的前辈说的.cif我也能够用这个软件打开
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6楼2014-10-30 14:53:48
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枫寒

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 与狼共舞701 at 2014-10-31 09:11:51
兄弟你好。谢谢您的帮助。现在又有一个小问题，我保存了Ccif格式，也用ATK打开了，但是打开后模型不是我在MS优化好的模型了。我是用多个硅原子取代碳纳米管的碳原子，MS优化后每个硅原子有三个键，当用ATK打开后每 ...

具体用AKT我不清楚，不过这个键是无关紧要的，只要你的原子坐标对了就可以，键可以随意自己画，自己删减的。MS在calculate bond的时候也会有这种情况，
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9楼2014-10-31 11:24:26
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枫寒 at 2014-09-12 13:48:29
将所建模型导出为.cif文件即可。然后打开文件就能看到每个原子的左标了。

你好 请问怎么导出cif文件啊，ms导出的文件类型选项里没有cif选项啊？
导出来我自己改成cif文件后，用什么方式打开啊，是记事本吗？
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贵在坚持
3楼2014-10-30 09:40:49
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没落的华丽

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枫寒 at 2014-10-30 10:12:49
File-export-保存类型（crystallographic information file）...

请问导出的.cif　用什么方式打开的。。
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5楼2014-10-30 14:51:09
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枫寒 at 2014-10-30 10:12:49
File-export-保存类型（crystallographic information file）...

兄弟你好。谢谢您的帮助。现在又有一个小问题，我保存了Ccif格式，也用ATK打开了，但是打开后模型不是我在MS优化好的模型了。我是用多个硅原子取代碳纳米管的碳原子，MS优化后每个硅原子有三个键，当用ATK打开后每个硅原子却有四个键，相邻的硅原子又自动生成一个键。请问这种情况是什么原因啊，该怎么解决。谢谢
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贵在坚持
7楼2014-10-31 09:11:00
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 没落的华丽 at 2014-10-30 14:53:48
我的方法是导出.pdb　，使用UltraEdit　打开，楼上的前辈说的.cif我也能够用这个软件打开...

兄弟你好。谢谢您的帮助。现在又有一个小问题，我保存了Ccif格式，也用ATK打开了，但是打开后模型不是我在MS优化好的模型了。我是用多个硅原子取代碳纳米管的碳原子，MS优化后每个硅原子有三个键，当用ATK打开后每个硅原子却有四个键，相邻的硅原子又自动生成一个键。请问这种情况是什么原因啊，该怎么解决。谢谢
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贵在坚持
8楼2014-10-31 09:11:51
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 枫寒 at 2014-10-31 11:24:26
具体用AKT我不清楚，不过这个键是无关紧要的，只要你的原子坐标对了就可以，键可以随意自己画，自己删减的。MS在calculate bond的时候也会有这种情况，...

非常感谢，我再研究下，上午也在找怎么可以把键删掉，还没找到。
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贵在坚持
10楼2014-10-31 15:05:27
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