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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » CATEP 模擬有機分子(pheophorbide a) Fail 求助
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heropighi

铜虫 (小有名气)

[求助] CATEP 模擬有機分子(pheophorbide a) Fail 求助 已有1人参与



1. ???????????????_????@????M??w??????W?? (http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.10343120.html?rid=ffd28fa6-0b51-45ee-bd8d-00af788c9361)
???d???3D???(.mol)?n????build ???30*30*30????g?????????G?M??????????????rebuild??Σ????????????Y????Fail????????m?L???????????С????????fail???????????????????????e??? ?Л]?п??????d??????3D???n????}(?????????????????? - H??????)???????Л]???????? Chlorophyll a ??Pheophytin a ?? pheophorbide a ?С?????????????  !!!!!!!!!!!!!


2. ??L??^????????????ЙC?????????????????????????????????????????
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
|  dE/ion   |   4.055163E-005 |   5.000000E-005 |         eV | Yes | <-- BFGS
|  |F|max   |   8.697393E-002 |   1.000000E-001 |       eV/A | Yes | <-- BFGS
|  |dR|max  |   4.738836E-003 |   5.000000E-003 |          A | Yes | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
  
BFGS: Geometry optimization completed successfully.

?x?x?ж?!

CATEP ??M?ЙC????(pheophorbide a) Fail  ????
123.jpg
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1楼 2014-09-10 18:04:33
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
What's the error reporting from CASTEP output file?
Obviously, you have to add the omitted hydrogen atoms as well as the methyl ligands manually. Maybe this is the problem.
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2楼2014-09-10 21:46:47
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-09-10 21:46:47
What's the error reporting from CASTEP output file?
Obviously, you have to add the omitted hydrogen atoms as well as the methyl ligands manually. Maybe this is the problem.

謝謝您，另外想請教一下  1. 在添加3D分子結構的官能基時，空間角度那些重要嗎?  2. 能否用2D分子模型?砟M?
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3楼2014-09-10 23:12:33
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heropighi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-09-10 21:46:47
What's the error reporting from CASTEP output file?
Obviously, you have to add the omitted hydrogen atoms as well as the methyl ligands manually. Maybe this is the problem.

輸出文件只有下面幾個

其中.castep顯示
Pseudo atomic calculation performed for H 1s1
Converged in 13 iterations to a total energy of -12.4601 eV
  Pseudo atomic calculation performed for C 2s2 2p2
Converged in 17 iterations to a total energy of -145.7942 eV
Pseudo atomic calculation performed for N 2s2 2p3
Converged in 21 iterations to a total energy of -262.6886 eV
Pseudo atomic calculation performed for O 2s2 2p4
Converged in 23 iterations to a total energy of -429.2136 eV

到這裡就Fail了，想破頭啦>_<
CATEP 模擬有機分子(pheophorbide a) Fail  求助-1
321.png
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4楼2014-09-10 23:27:04
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heropighi

铜虫 (小有名气)
???????:
3?: Originally posted by heropighi at 2014-09-10 23:12:33
?x?x????????????????  1. ??????3D????Y?????????r?????g?????Щ??????  2. ?????2D???????????M?...

???x??Modify?У??l?F???Adjust Hydrogen?x?????????hydrogen atoms & methyl Ligand??????????
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5楼2014-09-10 23:29:27
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by heropighi at 2014-09-10 23:12:33
謝謝您，另外想請教一下  1. 在添加3D分子結構的官能基時，空間角度那些重要嗎?  2. 能否用2D分子模型?砟M?...

虽然软件能够自动优化结构，但是初始结构不能与真实的偏差太多。
这个分子边缘有甲基，所以不是2D结构。
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good luck
6楼2014-09-11 01:47:44
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by heropighi at 2014-09-10 23:27:04
輸出文件只有下面幾個

其中.castep顯示
Pseudo atomic calculation performed for H 1s1
Converged in 13 iterations to a total energy of -12.4601 eV
  Pseudo atomic calculation performed for C 2s2 ...

这个不是报错信息
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7楼2014-09-11 01:48:30
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
heropighi: 金币+5, ★有帮助 2014-09-16 09:36:56
???????:
5?: Originally posted by heropighi at 2014-09-10 23:29:27
???x??Modify?У??l?F???Adjust Hydrogen?x?????????hydrogen atoms & methyl Ligand??????????...

Adjust Hydrogen?????????????????????????????????????
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8楼2014-09-11 01:49:51
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heropighi

铜虫 (小有名气)
??.castep??????У???г??F????????????????]?г??F?e?`???!
+-------------------------------------------------+
|                                                 |
|      CCC   AA    SSS  TTTTT  EEEEE  PPPP        |
|     C     A  A  S       T    E      P   P       |
|     C     AAAA   SS     T    EEE    PPPP        |
|     C     A  A     S    T    E      P           |
|      CCC  A  A  SSS     T    EEEEE  P           |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+
|                                                 |
| Welcome to Materials Studio CASTEP version 4.1  |
| Ab Initio Total Energy Program                  |
|                                                 |
| Authors:                                        |
| M. Segall, M. Probert, C. Pickard, P. Hasnip,   |
| S. Clark, K. Refson, M. Payne                   |
|                                                 |
| Contributors:                                   |
| P. Lindan, P. Haynes, J. White, V. Milman,      |
| N. Govind, M. Gibson, P. Tulip, V. Cocula,      |
| B. Montanari, D. Quigley, M. Glover,            |
| L. Bernasconi, A. Perlov, M. Plummer            |
|                                                 |
| Copyright (c) 2000 - 2006                       |
|                                                 |
| Please cite                                     |
|                                                 |
|     "First principles methods using CASTEP"     |
|                                                 |
|         Zeitschrift fuer Krystallographie       |
|           220(5-6) pp. 567-570 (2005)           |
|                                                 |
| S. J. Clark, M. D. Segall, C. J. Pickard,       |
| P. J. Hasnip, M. J. Probert, K. Refson,         |
| M. C. Payne                                     |
|                                                 |
|       in all publications arising from          |
|              your use of CASTEP                 |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+

  This version was compiled for linux_x86_64 on Dec 19 2006

License checkout of MS_castep successful
Number of licenses checked out     1

Pseudo atomic calculation performed for H 1s1

Converged in 13 iterations to a total energy of -12.4696 eV


Pseudo atomic calculation performed for C 2s2 2p2

Converged in 18 iterations to a total energy of -145.8305 eV

Pseudo atomic calculation performed for N 2s2 2p3

Converged in 22 iterations to a total energy of -262.7213 eV

Pseudo atomic calculation performed for O 2s2 2p4

Converged in 25 iterations to a total energy of -429.5980 eV
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