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关于TOPHAT安装问题-没有Root权限
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最近刚刚接触高通量测序，语言基础几乎为0，在安装TOPHAT遇到些问题，我是完全按照TOPHAT的流程进行安装。主要问题是我没有Root权限（实验室怕我们乱装东西吧），不能在根目录下拷贝装东西，有人告诉我要设置环境变量之类的。没有权限不能自己在自己的文件夹安装使用么？ 先写一下我的操作流程： 一1下载Bowtie 2(2.2.3)并解压 2进入Bowtie2解压的文件夹.拷贝文件夹中的bowtie2，bowtie2-build ，bowtie2-inspect 文件到我自己Home目录下的文件夹/ds3512/home/yangsn/bin 二1下载tophat-2.0.0.Linux_x86_64.tar.gz并解压 2cd /ds3512/home/yangsn/bin（网页上要求cd ~/bin，同样我没有权限，所以拷到/ds3512/home/yangsn/bin） 3ln -s ~/tophat-2.0.0.Linux_x86_64/tophat2 .（感觉这步就是在/ds3512/home/yangsn/bin建立了一个TOPHAT2的快捷方式） 三就是Building TopHat from source-Boost 1 下载Boost（1_56_0）解压并进入文件夹 2 命令./bootstrap.sh 3./bjam --prefix=/ds3512/home/yangsn/local/include link=static \ runtime-link=static stage install（网页要求Prefix=/usr/local,也是权限问题） 四Building TopHat from source-SAMTOOLS 1下载samtools-1.0解压并进入 2make 3出现samtools和 libbam.a文件 4拷贝samtools到/ds3512/home/yangsn/bin（网页原文是4.Copy the samtools executable to a directory which is in your shell's PATH，但是我不是很理解） 5命令cp ./*.a /ds3512/home/yangsn/local/lib 6创建bam文件夹 即/ds3512/home/yangsn/local/include/bam 7命令cp ./*.h /ds3512/home/yangsn/local/include/bam （5-7步网页要求是cp *.a /usr/local/lib/ ；mkdir /usr/local/include/bam/；cp *.h /usr/local/include/bam/。也是Permission Denied的问题） 五由于一直不懂环境变量这类的事，完成上面所说的那些我还做了一件事，但是后面看也没与什么意义  ，就是写Export Path(VIM ~/.BASHRC 然后写了几个 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/bowtie2-2.2.3 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/samtools-1.0 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/boost_1_56_0 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/local export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/bin，然后Source .bashrc)再重启了下SSH 8EXPORT命令查看这几路径已经在PatH中了 六1.下载tophat-2.0.0.tar.gz解压并进入 2./configure --prefix=/ds3512/home/yangsn/bin --with-boost=/ds3512/home/yangsn/local \ --with-bam=/ds3512/home/yangsn/local 3回车后最后面出现的是 checking for boostlib >= 1.38.0... yes checking for bamlib... configure: error: We could not detect the bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library (still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-bam option. 感觉是SAMTOOL这一步出现问题，一开始我以为我把Boost弄成功了，后来发现我的版本是1.56.0，所以这个可能是服务器本身就有，以上就是我进行的全部了。希望有人能指出我的问题所在。  VIM ~/.BASHRC  tophat.PNG |
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