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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】amber做动力学的一些问题
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】amber做动力学的一些问题

在做amber动力学的时候怎样设定内存？同样cpu数目的条件下，是不是内存越大越快？
这套配置做动力学怎样？
CPU：Intel Xeon 5410 2.33G *2

主板：超微 X7DVL-I

内存：金士顿 2GB DDR2 667(ECC FB DIMM) *2

硬盘：500G SATAII企业级

电源：航嘉 磐石 500

机箱：2U

双路的服务器，一共是4G内存，两颗cpu，每颗4核。不知道跑amber做动力学运算怎么样？稳不稳定？
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1楼 2008-04-19 08:44:18
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
以我的经验来看，动力学中内存大不是最主要的，主要的还是CPU，楼主你只有8个核，太少了，做一个amber估计得20天以上，呵呵用集群做吧，或者分布式的
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2楼2008-04-19 11:20:57
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
那请问，如果我有10台这样的机子，怎样做分布式的计算？
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3楼2008-04-19 20:27:38
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小欢

金虫 (正式写手)

内存不是主要因素

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
本人没做过amber，倒是有个朋友做过，据他讲，amber串行计算速度比较慢，不过看到搂主服务器的配置，如果用amber的并行程序，应该很快，而且内存差不多够了，你一个服务器8个核，速度应该比较理想
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4楼2008-04-20 11:35:59
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
如果是2G内存，这套配置跑amber够吗？
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5楼2008-04-22 10:27:23
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
md对内存要求不高，
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6楼2008-04-22 10:40:16
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
如果是2G够吗？
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7楼2008-04-25 17:51:30
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zhp1006

银虫 (小有名气)
针对一般大小的体系，应该还是很理想的
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8楼2008-09-20 15:31:56
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