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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » S_ab score的含义
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见神一笑

木虫 (著名写手)

[求助] S_ab score的含义 已有1人参与

RDP中sequence match参数中有一项S_ab score，哪位知道是什么意思吗？
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好好努力
1楼 2014-09-02 11:18:15
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
见神一笑: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-09-02 14:08:42
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2014-09-03 22:07:43
S_ab score是指比对的两条序列中共享的7-mer的百分比。RDP的序列比对Seq Match 不是两两比对的。
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2楼2014-09-02 12:06:20
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-09-02 12:06:20
S_ab score是指比对的两条序列中共享的7-mer的百分比。RDP的序列比对Seq Match 不是两两比对的。

为什么是7-mer 而不是其它长度的寡核苷酸呢？
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好好努力
3楼2014-09-02 14:08:47
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RuyangHan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2014-09-02 14:08:47
为什么是7-mer 而不是其它长度的寡核苷酸呢？...

那是做算法的人想出来的。找找他们的文献吧，我不是做生信的，说不出算法的道理。
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4楼2014-09-02 14:20:51
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-09-02 14:20:51
那是做算法的人想出来的。找找他们的文献吧，我不是做生信的，说不出算法的道理。...

多谢
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好好努力
5楼2014-09-03 11:04:03
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