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见神一笑

木虫 (著名写手)

[求助] S_ab score的含义 已有1人参与

RDP中sequence match参数中有一项S_ab score,哪位知道是什么意思吗?
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
见神一笑: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-09-02 14:08:42
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助! 2014-09-03 22:07:43
S_ab score是指比对的两条序列中共享的7-mer的百分比。RDP的序列比对Seq Match 不是两两比对的。
2楼2014-09-02 12:06:20
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见神一笑

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-09-02 12:06:20
S_ab score是指比对的两条序列中共享的7-mer的百分比。RDP的序列比对Seq Match 不是两两比对的。

为什么是7-mer 而不是其它长度的寡核苷酸呢?
好好努力
3楼2014-09-02 14:08:47
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2014-09-02 14:08:47
为什么是7-mer 而不是其它长度的寡核苷酸呢?...

那是做算法的人想出来的。找找他们的文献吧,我不是做生信的,说不出算法的道理。
4楼2014-09-02 14:20:51
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见神一笑

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-09-02 14:20:51
那是做算法的人想出来的。找找他们的文献吧,我不是做生信的,说不出算法的道理。...

多谢
好好努力
5楼2014-09-03 11:04:03
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