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★★★★2014书籍超级帖七二三《Building Bioinformatics Solutions》2th 牛津大学
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书名 Building Bioinformatics Solutions 作者Conrad Bessant Darren Oakley Ian Shadforth 页数365 出版社 牛津大学 ISBN 978–0–19–965855–8 (hbk.) ISBN 978–0–19–965856–5 (pbk.) 1 Introduction 1 1.1 From data to knowledge: the aim of bioinformatics 1 1.2 Using this book 2 1.2.1 About the coverage of this book 2 1.2.2 Choice of tools 3 1.2.3 Choice of operating system 3 1.2.4 www.bixsolutions.net 4 1.3 Principal applications of bioinformatics 4 1.3.1 Sequence analysis 5 1.3.2 Transcriptomics 5 1.3.3 Proteomics 6 1.3.4 Metabolomics 7 1.3.5 Systems biology 7 1.3.6 Literature mining 8 1.3.7 Structural biology 8 1.4 Building bioinformatics solutions 8 1.5 Publicly available bioinformatics resources 10 1.5.1 Publicly available data 10 1.5.2 Publicly available analysis tools 14 1.5.3 Publicly available workflow solutions 15 1.6 Some computing practicalities 16 1.6.1 Hardware requirements 16 1.6.2 The command line 17 1.6.3 Case sensitivity 18 1.6.4 Security, firewalls, and administration rights 18 References 19 2 Building biological databases with SQL 21 2.1 Common database types 22 2.1.1 Flat text files 22 2.1.2 XML 23 2.1.3 Relational databases 26 2.2 Relational database design—the ‘natural’ approach 29 2.2.1 Steps 1–3: gather, group, and name the data 30 2.2.2 Step 4: data types 35 2.2.3 Step 5: atomicity of data 39  QQ截图20140830064331.jpg |
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