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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ［求助］gromacs的势能结果
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cloudsea163

金虫 (著名写手)

[交流] ［求助］gromacs的势能结果

我模拟一个蛋白质在一中有机溶剂中的行为，结果发现所得的势能比较大 而且为正，请问这正常吗？ 而我在其他几种溶剂中都是负值。体系在模拟之前都经过了平衡的
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
1楼 2008-04-16 14:33:02
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cloudsea163

金虫 (著名写手)
一开始就是正的 我运行100ns 时间应该比较长了吧
初始结构也不会有问题阿 我其他类似的体系都是这么处理的阿
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
8楼2008-04-27 22:19:39
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cloudsea163

金虫 (著名写手)
是阿 我也觉得奇怪 但是从它的结构以及其它方面来看 没有什么异常阿
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
3楼2008-04-25 16:24:27
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jerryking

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
这个问题比较怪
你得自己确定体系建得是否合理
看看体积有没有错

或者再查查你的势能函数错了没有
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4楼2008-04-25 16:42:05
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
你的初始构型应该是有问题的!不大可能是这样的情况
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5楼2008-04-25 16:45:17
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