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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 重金请教 画原子轨道分布图方面的问题
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匿名

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1楼 2014-08-28 14:47:05
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
siccaswlm: 金币+2, ★有帮助 2014-08-28 23:42:38
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2014-08-28 23:46:35
用网上“专门的石墨烯生成软件”生成一个石墨烯片段，石墨烯片段大小可以由你给程序指定，以便可以与聚合物苯环相应，石墨烯片段的环数应远大于聚合物苯环数。程序会输出一个GS的输入文件。
将输入文件读入GV中，将石墨烯片段的各处一一补足H，使其饱和。再输出一个GS的输入文件。
将这第二个输入文件读入GS中优化。
将优化结果再次读入GV中，石墨烯片段平面的上方安排聚合物苯环截片部分（截片之处也要用H封头），苯环与石墨烯片段平行，且双方的CC相对，最后对这个体系进行优化。
优化结果，从轨道图可以表现出苯环表面以及石墨烯上碳原子的p轨道的π-π重叠，这种π-π重叠不应视为大π键，它是一种π-π头对头重叠的弱相互作用。
由于是弱相互作用，不考虑电子相关的方法不能用了，基组也不能太小，因为π-π作用是远程作用，要用极化、弥散函数。
起码应用b97d/6-31+g(d)。
如果进一步作体系的电子密度差，可以表现出苯环表面以及石墨烯上碳原子的p轨道的π-π重叠后电子具体变化，电子在什么地方增加了，什么地方减少了，更有利于分析。
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2楼2014-08-28 16:10:12
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匿名

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3楼2014-08-28 23:41:57
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 金币+5 2014-08-29 08:25:08
那个不叫pi-pi共轭，而叫pi-pi堆积，本质是色散作用，伴随着轨道重叠。

最好的展现pi-pi堆积的方法是绘制RDG等值面图，参看《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/bb1162d881b8d5ee3cc2cbdc）

绘制轨道重叠图并不适合此问题。石墨烯、聚合物的苯环都有一大堆分子轨道，每一对儿之间都有重叠，如果每一对儿都绘制的话，不仅非常麻烦，对于分析pi-pi作用也没什么意义，很难讨论出什么。
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4楼2014-08-29 03:39:58
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