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zdh398

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[资源] [转载]用DOCK做分子对接计算的基本步骤

用DOCK做分子对接计算的基本步骤
一、受体文件和配体文件的准备
需要用到Chimera软件（下载网址http://www.cgl.ucsf.edu/chimera）。
1.受体的准备：
用Chimera打开受体文件，没去除配体和水的要先去除配体和水（在Select选单中选择相应结构直接删掉即可）。然后，选择Tools ->Structure Editing ->Dock Prep，对受体分子进行处理，如下图。
如果受体文件参数不全，则不能使用Dock Prep模块，这时需手动选择Structure Editing中的AddH和Add Charge对分子进行处理，并保存为mol2格式文件。
之后，删除受体文件中所有的氢，并将重原子保存为pdb文件。
2.配体的准备：
手动给配体加H，加电子，并将配体保存为mol2文件。
二、生成负模
1.生成靶蛋白的分子表面：
需要用到dms程序，命令：“dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms”，参数如下：
-a    #使用所有原子，而非仅仅是氨基酸的原子
-d    #改变点的密度
-g    #输出到文件
-i    #只计算指定原子所构成的表面
-n    #计算表面点的垂直面
-w    #改变探针半径
-v    #详细输出
-o    #指定输出文件名称 (必须的)
2. 生成负模
可以使用DOCK中附带的sphgen程序去生成对接需要的球形负模（需要一个INSPH文件，DOCK中的Demo里有吧，复制过来就OK），输入命令sphgen就可以了，得到rec.sph。
3.选择一簇负模进行对接计算
运行命令“showsphere < sphgen_cluster.in”将sph文件转换成pdb文件。其输入文件的参数如下：
rec.sph                                     #负模聚类文件
1                                                                #选择处理哪个簇 (<=0 为所有簇)
N                                           #以PDB文件的形式来生成表面
selected_cluster.pdb                   #输出文件的名
这是最一般的方法，选择的是最大的负模簇，也可以指定某处附近的簇，方法略。
三、生成栅格
1. 在活性位点周围生成一个盒子
输入命令：“showbox < box.in”，box.in文件也可以不写，程序会以问答方式进行。
2. 生成栅格
运行命令：“nohup grid -i grid.in -o grid.out>grid.log&”，运行这一步能够大大节省对接计算时间。我的grid.in文件在这里：UploadFiles/2006-11/1120179826.rar
Grid的参数以后再解释，不写在这里了。
四、刚性对接和柔性对接
刚性对接与柔性对接的不同只在于选择参数的不同，就不分开写了。命令都一样：“nohup dock5 -i dock.in -o dock.out>dock.log&”，写不同的dock.in文件就行了。
我的刚性对接的dock.in文件：UploadFiles/2006-11/1120460197.rar；柔性对接的dock.in文件：UploadFiles/2006-11/1120567533.rar。（仅供参考）

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