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[转载]用DOCK做分子对接计算的基本步骤
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用DOCK做分子对接计算的基本步骤 一、 受体文件和配体文件的准备 需要用到Chimera软件（下载网址http://www.cgl.ucsf.edu/chimera）。 1.受体的准备： 用Chimera打开受体文件，没去除配体和水的要先去除配体和水（在Select选单中选择相应结构直接删掉即可）。然后，选择Tools ->Structure Editing ->Dock Prep，对受体分子进行处理，如下图。 如果受体文件参数不全，则不能使用Dock Prep模块，这时需手动选择Structure Editing中的AddH和Add Charge对分子进行处理，并保存为mol2格式文件。 之后，删除受体文件中所有的氢，并将重原子保存为pdb文件。 2.配体的准备： 手动给配体加H，加电子，并将配体保存为mol2文件。 二、 生成负模 1.生成靶蛋白的分子表面： 需要用到dms程序，命令：“dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms”，参数如下： -a #使用所有原子，而非仅仅是氨基酸的原子 -d #改变点的密度 -g #输出到文件 -i #只计算指定原子所构成的表面 -n #计算表面点的垂直面 -w #改变探针半径 -v #详细输出 -o #指定输出文件名称 (必须的) 2. 生成负模 可以使用DOCK中附带的sphgen程序去生成对接需要的球形负模（需要一个INSPH文件，DOCK中的Demo里有吧，复制过来就OK），输入命令sphgen就可以了，得到rec.sph。 3.选择一簇负模进行对接计算 运行命令“showsphere < sphgen_cluster.in”将sph文件转换成pdb文件。其输入文件的参数如下： rec.sph #负模聚类文件 1 #选择处理哪个簇 (<=0 为所有簇) N #以PDB文件的形式来生成表面 selected_cluster.pdb #输出文件的名 这是最一般的方法，选择的是最大的负模簇，也可以指定某处附近的簇，方法略。 三、 生成栅格 1. 在活性位点周围生成一个盒子 输入命令：“showbox < box.in”，box.in文件也可以不写，程序会以问答方式进行。 2. 生成栅格 运行命令：“nohup grid -i grid.in -o grid.out>grid.log&”，运行这一步能够大大节省对接计算时间。我的grid.in文件在这里：UploadFiles/2006-11/1120179826.rar Grid的参数以后再解释，不写在这里了。 四、 刚性对接和柔性对接 刚性对接与柔性对接的不同只在于选择参数的不同，就不分开写了。命令都一样：“nohup dock5 -i dock.in -o dock.out>dock.log&”，写不同的dock.in文件就行了。 我的刚性对接的dock.in文件：UploadFiles/2006-11/1120460197.rar；柔性对接的dock.in文件：UploadFiles/2006-11/1120567533.rar。（仅供参考） |
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