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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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1楼 2014-08-26 11:10:48
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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6楼2014-08-26 19:06:05
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kjsun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2014-08-26 14:04:47
chiweijie: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-26 14:19:49
楼主根本没说清楚问题。
1.二聚物的结构是不是已知的？如果是结构已知，那就是一个求分子中心的数学问题。如果不考虑原子质量的贡献 分子的中心是各个原子的坐标加和除以原子的数目求平均值。如果考虑原子质量中心，是各个原子的坐标×对应原子质量加和除这部分的分子质量。
2.如果结构未知，那就要先得到这个二聚物的结构。这个能计算的软件就多了，比如Gaussian就可以,当然软件不同，算法不同，结果也不太一样。用软件优化完这个结构之后，就可以求中心距离了（见1）
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2楼2014-08-26 12:32:08
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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3楼2014-08-26 14:19:40
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
Multiwfn (http://multiwfn.codeplex.com)的主功能100里的21可以给出选定部分原子的质心。因此你计算两个单体的质心坐标，然后手动求二者的距离即可。
.pdb、.xyz、.wfn等Multiwfn支持的且含有原子坐标的文件都可以作为输入文件
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chiweijie
5楼2014-08-26 18:22:54
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