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铜虫 (正式写手)

[求助] vasp表面计算详细解说已有1人参与

想和大家交流下vasp计算表面的一些问题:
1. 计算表面的步骤:
                             a。先建立一个表面超胞模型(可以加入对称性吗?因为如果引入对称性,就变成超胞的两边是真空层了);
                             b。然后测试真空层和原子层数,这里的收敛标准是能量小于10eV(测试原子层数的时候可以不对称吗?);
                             c。然后进行表面结构的弛豫,固定中间几层原子,观察层间距的变化,若固定的层数之间有较大的位移(原子既然固定了,固定原子层之间还会有有位移嘛?),就增加弛豫原子层数(是固定原子的层数还是没固定原子的层数),在观察层间距的变化,知道变化很小为止(这里是做静态计算吗?然后从OUTcar里读取原子位置,看层之间的变化?这里有一个什么标准吗?);
                            d。此外,还要测试表面能,这时要保证slab足够厚,当slab层数变大时,表面能变化很小就行了(这里表面能使需要用公式计算的吧~~~,这个和原子层数测试是同时进行的吗?边看总能收不收敛,还要看表面能收不收连?而且说要保证晶胞大小一致,那这样真空层不就是变了吗,那前面测试真空层不就没有意义了)。
                            e。计算表面的性质
括号里面的就是我的疑问,还有一个问题就是k点的测试在什么时候测,k点在垂直晶面的方向上为1,那么如果是110面,k点该怎么设呢?
我也是在学习的起步阶段,最近看这些有些糊涂,思路不太清晰,好像小木虫上也没有详细的帖子,希望我们大家交流一下,
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铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jpchou at 2014-08-26 15:49:21
a。先建立一个表面超胞模型(可以加入对称性吗?因为如果引入对称性,就变成超胞的两边是真空层了);
> 可加入,也可不加入,看計算題目需求
   "週期" 性系統的計算,不管你加不加對稱,超胞的兩邊永 ...

您好,有人追加我的问题c没有解决,我自己想了下,时间太久了,记不太清楚了,这个确定固定多少层的标准指的是什么呢,
再我后面的回答里面给的是看固定原子层数的间距,我感觉好像不对啊,是不是应该是弛豫的原子层数的间距,改变固定的层数,比较两次的差距,比如说如果差距小于多少埃的话就认为固定的层数是足够的了,是这样的吗?

过了这么久了,希望您再帮忙解答一下吧。
20楼2017-02-19 12:07:51
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铜虫 (正式写手)

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引用回帖:
21楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-19 17:08:43
c。然后进行表面结构的弛豫,固定中间几层原子,观察层间距的变化,若固定的层数之间有较大的位移(原子既然固定了,固定原子层之间还会有有位移嘛?),就增加弛豫原子层数(是固定原子的层数还是没固定原子的层数 ...

就是这个意思,比如想做带空位的某一个表面的一些性质,首先要测试一些参数,例如阶段能,K点,真空层等,然后还需要测试需要的原子层厚度以及底端需要固定的原子的厚度。然后问题就来了,确定这个固定多少需要测试,网上看到大部分有说的是固定原子,然后查看固定的原子的层间距的变化。
我的疑问就是,既然已经固定原子了怎么回有层间距的变化呢?还是说其实看的是胃固定的原子顶层的那些层间在固定不同层数的变化?还是所有优化的那些层在固定不同原子层数后的间距变化?
就是这个固定的测试到底是怎么做的呢?

非常感谢
22楼2017-02-19 17:44:58
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铜虫 (正式写手)

引用回帖:
23楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-19 18:52:50
网上看到大部分有说的是固定原子,然后查看固定的原子的层间距的变化。
我的疑问就是,既然已经固定原子了怎么回有层间距的变化呢?
> 你的疑惑是正確的
   照你講的~ 網路上的敘述~若真的是 "固定原子, ...

原文是这样的:
3、表面体系的结构优化  [参见P32]
在这个优化之前,还要对K-mesh进行优化。
表面体系的优化,主要是对原子位置进行优化,而对超原胞不再优化。一般采用的是Selective Dynamic。
这是在POSCAR中设置的。
怎样确定该驰豫哪些原子?  !!!!!!!!!!!!!!!!!
一般是应该将表面的几层放开,固定中间的几层,可以只是放开表面的两层,观察层间距变化,如果固定的层之间还有较大的移位,说明弛豫的层数太少,需要增大弛豫的层数。
这样继续作下去。直到 层间距变化不大 。
再层间距变化不大的前提下,尽量减少层数,以节约时间。
即便是再固定的层内的原子在固定方向上的受很大的力,但是受限于 F 的限制,被强制的规定在某一层上。
下面以Al(100)-p(1*1)为例,给出相应的输入文件:
####INCAR:  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!  没有ISIF  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
SYSTEM = Al(100)-p(1x1)
ENCUT = 200
ISMEAR = 1; SIGMA = 0.20
ISTART = 0; ICHARG = 2
EDIFF = 1E-5; EDIFFG = -1.0E-3
NSW = 60; IBRION = 2
POTIM = 0.1
PREC= Accurate
####KPOINTS:  !!!!!!!!!!!!!!!  注意1  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
auto
0
Monkhorst-Pack
1 11 11
0.0 0.0 0.0
#####POSCAR:  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 比Bulk的多了个Selective dynamics
Al(100)-p(1x1)
1.00000
0.0000000000  2.0247500000  -2.0247500000
0.0000000000  2.0247500000  2.0247500000
22.1485000000  0.0000000000  0.0000000000
7
Selective dynamics
Direct
0.0000000000  0.0000000000  0.0000000000  F  F  T
0.0000000000  0.0000000000  0.1828340520  F  F  F
0.0000000000  0.0000000000  0.3656681039  F  F  F
0.0000000000  0.0000000000  0.5485021559  F  F  T
0.5000000000  0.5000000000  0.0914170260  F  F  T
0.5000000000  0.5000000000  0.2742510780  F  F  F
0.5000000000  0.5000000000  0.4570851299  F  F  T
优化后的结构在CONTCAR中。

网上很多都菏泽个说法一样。而且他这个里面之固定了xy,只优化z,不太明白什么意思。

另外就是,看上层弛豫的原子的变化,是看他们的层间距是否收敛?这个收敛标准又是什么呢?比如能量手链是10meV,那么对于这个就是层间距小于多少?有一个这样的参考值吗?
24楼2017-02-19 19:03:33
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铜虫 (正式写手)

引用回帖:
27楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-20 00:39:03
这个收敛标准又是什么呢?
> 收斂標準沒有  "一定" 的標準
   不同系統會有些許變化

比如能量手链是10meV,那么对于这个就是层间距小于多少?有一个这样的参考值吗?
> 什麼是  "能量手 ...

好吧,那我再看看吧,多谢

发自小木虫Android客户端
28楼2017-02-20 04:44:06
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