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高通量测序/高通量测序分析环境微生物/菌群分析/微生物多样性分析
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宝杰罗生物科技有限公司 地址：北京市朝阳区石佛营西里12号丰苑大厦B座1203室 邮编：100025 电话：010－65945597/ 010－65919547 传真：010－65919547 手机：13717768726 e-mail：biogenro55@126.com 公司网站： https://www.biogenro.net https://www.biogenro.com 请加微信（wx25178776)并扫描下方宝杰罗公司微信公众号，会陆续推出高通量测序菌群分析相关讲座。 研究对象： 样品来源：土壤、海洋、活性污泥、动物肠道、粪便、酒曲、窖泥等； 样品形式：环境样品、基因组dna、pcr产物； 环境微生物群落多样性分析，基于roche 454 flx +、illumina miseq第二代高通量测序平台，第三代pacbio高通量测序平台，对核糖体rna高变区域或者全长，比如16s/18s/its等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。 优势 ★ 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。 ★ 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。 ★ 环境微生物群落多样性分析有roche 454 flx ，illumina miseq和pacbio三株种高通量测序平台可供选择，根据不同的测序要求提供不同的解决方案。 ★ 众多的成功案例，使宝杰罗生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。 技术路线如下图1 生物信息分析流程如下图1 研究分析内容： 1. 数据统计分析 2. 数据根据barcode信息回归样品 3. otu（operational taxonomic units）聚类 4. 稀释性曲线（rarefaction curve） 图2 稀释性曲线 5. 分类学分析（silva数据库） 6. 菌群多样性、丰度和测序深度指数计算 7. 多样品间两两sharedchao、sharedace指数计算 8. 组间显著性差异分析 9. 群落结构分析 图 3单样品群落结构饼图 图 4多样品群落结构柱状图 10. 分类学树状图分析 图 5单样品分类学树状图 图 6多样品分类学比对树状图 11. 多样品相似度比对分析 图 7 多样品相似度比对树状图 图 8 多样品相似度比对heatmap图 12. 样品otu分布比较分析 图 9样品otu分布比较venn图 13. pca（principal component analysis）分析 图 10 pca分析 14. weighted and unweighted unifrac pca分析 图 11 weighted unifrac pca分析 送样要求 1 1. 样品类型： dna 2. 样品需求量：≥500ng 3. 样品浓度： ≥10ng/μl 4. 样品纯度：od260/280=1.8-2.0并确保dna无降解 5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。 送样要求 2 1. 样品类型： pcr产物 2. 样品需求量：≥100ng 3. 样品浓度： ≥5ng/μl 4. 样品纯度：od260/280=1.8-2.0并确保pcr产物无降解 5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。 送样要求 3 1. 样品类型： 原始样本 2. 样品需求量：≥2g 3. 样品浓度： 固体物 4. 取样要求：新鲜细小颗粒状样本，取完后立即冻存在-20度或者-80度冰箱冷冻。 5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。 宝杰罗生物科技有限公司 地址：北京市朝阳区石佛营西里12号丰苑大厦B座1203室 邮编：100025 电话：010－65945597/ 010－65919547 传真：010－65919547 手机：13717768726 e-mail：biogenro55@126.com 公司网站： https://www.biogenro.net https://www.biogenro.com  1.png  生物信息分析路程图  图 2稀释曲线图  图 3单样品群落结构饼图  图 4多样品群落结构柱状图  图 5单样品分类学树状图  图 6多样品分类学比对树状图  图 7 多样品相似度比对树状图  图 8 多样品相似度比对heatmap图  图 9样品otu分布比较venn图  图 10 pca分析  图 11 weighted unifrac pca分析 请加微信（wx25178776)并扫描下方宝杰罗公司微信公众号，会陆续推出高通量测序菌群分析相关讲座。 技术服务成功案例客户： 清华大学环境科学系 北京大学城市与环境学院 北京大学地球与空间科学学院 浙江大学动物学院 浙江大学农学院 中国农业大学农业生物技术国家重点实验室 中国农业大学农学院 中国农业大学资源与环境学院 北京科技大学材料学院 华中农大水产学院 南京农业大学农学院 沈阳农业大学农学院 河北农业大学农学院 河北科技大学 北京化工大学 北京工业大学 东北大学环境系 东北师范大学生物系 吉林大学环境系 吉林农业大学资源环境学院 四川农业大学 江西农业大学 南昌大学 台州学院生物系 三峡大学生物学院 中科院环境生态研究中心 中科院地球化学研究所 中科院沈阳生态研究所 中科院兰州环境研究所 中科院地球环境研究所 中国环境科学研究院 中国农科院植物保护研究所 中国农科院畜牧研究所 军事医学科学研究院 五所 山东省农科院生物研究所 。。。。。。。。。。。 请加微信（wx25178776)并扫描下方宝杰罗公司微信公众号，会陆续推出高通量测序菌群分析相关讲座。  biogenro宝杰罗公司微信公众号.jpg  个人微信二维码.jpg [ last edited by 宝杰罗生物 on 2017-12-27 at 14:42 ] [ Last edited by 宝杰罗生物 on 2020-10-28 at 11:24 ] |
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3楼2014-08-25 09:10:43
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