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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有SNP的rs号，如何查找其在cDNA上的位置？
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dongyan08

木虫 (正式写手)

[求助] 有SNP的rs号，如何查找其在cDNA上的位置？ 已有3人参与

各位大侠：
            我查到了某位点的SNP号，也就是rs......，那么我要知道这个rs......是对应在cDNA序列上的什么位置我该怎么查呢？第一次查这东西，不懂，请赐教啊！！
            另外，我查到其NM_024675.3:c.2586+58C>T这又是什么意思？
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1楼 2014-08-24 10:36:01
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alvmei

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西苑前 at 2015-01-31 17:49:29
c.2586+58C>T表示该位点在CDS序列上第2586个碱基之后的内含子区域中，往后数58个就是了

你好，请问你知道怎么查一个SNP位于cDNA或者gDNA中的位置吗（SNP location numbering is heterogeneous should be either cDNA or gDNA positions）？该怎么查？我的SNP是POR 6593A>G(rs2868177),该怎么按照前面的英文写呢？好不容易找到了这个帖子，麻烦知道的前辈多指点指点！！
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5楼2015-09-25 23:36:12
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-08-24 20:12:58
1，把CDNA拷贝出来，到NCBI网站比对，获得基因全序列，,
2，把你发现的SNP两端序列拷贝出来，跟基因全长比对就行了。
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2楼2014-08-24 11:46:34
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1297286362

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-11-05 09:44:00
在NCBI上的all database 的下拉菜单中选择SNP 输入rs号后点search，再点最上边的rs号，在Integrated Maps中点击最上边的那一栏（那是最新出来的），再在右上角点tools的下拉菜单中的sequence text view，再和NCBI上直接找到的DNA序列进行比对。
NM指的是mRNA
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喜欢你就诅咒你！
3楼2014-11-04 21:51:46
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西苑前

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-02-02 10:56:53
c.2586+58C>T表示该位点在CDS序列上第2586个碱基之后的内含子区域中，往后数58个就是了
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4楼2015-01-31 17:49:29
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