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montclimber金虫 (正式写手)
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[交流]
[求助]分子对接
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在这个版里看了很多大家讨论分子对接方法的帖子,自己也尝试过某些软件. 想问大家对Gold怎么看? 我对Gold.conf这个文件有些疑问,是不是每次都要在里面编写程序语句? 谢谢! [search]Gold[/search] [ Last edited by montclimber on 2008-4-14 at 14:37 ] |
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luai071
木虫 (著名写手)
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- 专业: 合成药物化学
3楼2008-04-14 15:53:44
★ ★ ★ ★
小红豆(金币+3,VIP+0):3X！
montclimber(金币+1,VIP+0):分析得好!
小红豆(金币+3,VIP+0):3X！
montclimber(金币+1,VIP+0):分析得好!
| Gold是一个采用遗传算法进行分子对接的程序，对接效果不错，一般适用于精细对接。Gold.conf这个文件不需要编写，运行GOLD就让你创建这个文件，GOLD目前可以进行多分子对接，但是对接出来的结果会让然产生眼花缭乱的感觉，所以在分子数不多的时候，建议做每个分子单独对接。对每个分子创建一个文件夹，该文件夹里面就需要创建Gold.conf这个文件（Gold.conf这个文件中Gold这个文件名可以修改），对接的结果（output）也放入这个文件夹。对接完成后，用silver观看对接结果就需要载入Gold.conf这个文件。从silver中挑选最佳的对接构象，再到相应文件夹中挑出那个分子就行了。试试吧 |
2楼2008-04-14 15:01:28
4楼2008-04-14 22:22:50
xd200620940
铜虫 (正式写手)
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5楼2008-04-15 10:03:14