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求助gromacs膜DPPC实例出错 已有1人参与
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在gromacs膜的 tutor中在 perl inflategro.pl system.gro 4 DPPC 14 system_inflated.gro 5 area.dat 这一步后发现两个脂分子被删除所以按照实例，在topol_dppc.top中将脂分子数从128改为126.在运行能量最小化。自己写的命令是 gmx grompp -f minim.mdp -c system_inflated.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr 系统报错 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (system_inflated.gro, 6438) does not match topology (topol_dppc.top, 17265) 求助大神 |
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本帖内容被屏蔽 |
7楼2018-10-17 17:27:09
2楼2014-08-24 13:50:44
3楼2014-08-29 17:11:24
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你好前辈，你现在应该解决了你的问题了。我最近也在做这个实例当遇到了问题，在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了，后面我是用editconf命令转换的，的那个是接下来的能量最小化过程时gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr，报错了， error：Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1# Generated 837 of the 2346 non-bonded parameter combinations ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]: No default LJ-14 types .......共29个错误，我改如何解决。我联系方式是2719217002@qq.com 不管是否回复。先说声谢谢！ |
4楼2014-09-24 23:41:17