| 查看: 2987 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助gromacs膜DPPC实例出错 已有1人参与
|
||
|
在gromacs膜的 tutor中在 perl inflategro.pl system.gro 4 DPPC 14 system_inflated.gro 5 area.dat 这一步后发现两个脂分子被删除所以按照实例，在topol_dppc.top中将脂分子数从128改为126.在运行能量最小化。自己写的命令是 gmx grompp -f minim.mdp -c system_inflated.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr 系统报错 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (system_inflated.gro, 6438) does not match topology (topol_dppc.top, 17265) 求助大神 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
国自然评审意见
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有13人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 细胞膜模拟的几个教程
已经有10人回复
hdx1991
新虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15435.5
- 散金: 1277
- 红花: 9
- 沙发: 5
- 帖子: 2786
- 在线: 217小时
- 虫号: 4093952
- 注册: 2015-09-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2015-10-08 15:43:22
2楼2014-08-24 13:50:44
3楼2014-08-29 17:11:24
|
你好前辈，你现在应该解决了你的问题了。我最近也在做这个实例当遇到了问题，在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了，后面我是用editconf命令转换的，的那个是接下来的能量最小化过程时gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr，报错了， error：Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1# Generated 837 of the 2346 non-bonded parameter combinations ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]: No default LJ-14 types .......共29个错误，我改如何解决。我联系方式是2719217002@qq.com 不管是否回复。先说声谢谢！ |
4楼2014-09-24 23:41:17
投票:
30