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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cloudsea163

金虫 (著名写手)

[交流] [讨论]autodock对接结果

我采用autodock4将一个小分子对接到蛋白质上去,但是我不知道对接位点,于是给小分子一个随机的初始位置,对接后发现小分子好像就在蛋白质周围跑 没有对接上去 请问该怎么做?
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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
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weishenme

金虫 (小有名气)

晕,还要金币才能下载啊。
我用autodock4做过blind docking,结果应该还是比较可信的,RMSD大概在1A。
盒子只要把蛋白质包进去就行了,配体无须包进去。
你参数怎么设的啊?
6楼2008-04-17 20:05:31
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢,欢迎常来计算模拟版!
这是由于程序默认的对接位置与蛋白质实际情况不吻合,如果不知道对接位点是麻烦点,你可以用autodock tool画“盒子”,使蛋白尽量包含在“盒子”里,一个盒子不行就多画几个。最后有几个盒子就做几次autodock。Good luck!
2楼2008-04-13 15:13:38
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cloudsea163

金虫 (著名写手)

我是画的盒子 把蛋白质和配体都包含在里面呀
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
3楼2008-04-13 17:47:36
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luai071

木虫 (著名写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
引用回帖:
Originally posted by cloudsea163 at 2008-4-13 17:47:
我是画的盒子 把蛋白质和配体都包含在里面呀

从你的描述看不出来是否做对了,你如果能截个图下来我或许可以帮你找出原因来。
4楼2008-04-13 20:13:15
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