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yeying

金虫 (小有名气)

[交流] 蛋白测序

为什么测出几个氨基酸就能够知道该蛋白呢？
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1楼 2008-04-10 01:13:40
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
测出几个氨基酸不一定能准确地知道该蛋白是什么东西！

因为不同蛋白质某些区域的氨基酸相似性很高，甚至完全相同，但他们有可能是完全不同的蛋白质，其功能也大相径庭。。。。。。

如果蛋白质分子量较大，要把它测通也是费时费钱的事！

对于一个未知的蛋白质序列，我们常用的更为准确的方法是：

1。将目标蛋白进行 N 端和C端测序，分别测10个氨基酸左右；

2。再根据所测得到的氨基酸序列 ，设计编码此蛋白相关基因的简并引物；

3。以产生此蛋白的菌株总DNA为模板，用简并引物PCR出此蛋白相关基因，进行测序；（DNA测序比蛋白质测序较轻松得多）

4。再根据它基因的DNA测序结果，推导出它的全蛋白质序列了。
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8楼2008-04-17 19:33:28
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
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3楼2008-04-10 09:04:53
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lengshan1977

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
还是排列组合的问题，生物体中常见的氨基酸有20多种，在保证蛋白序列特异性的前提下，排列组合的可能性从理论上决定了蛋白鉴定的策略。但是实际中还是需要仔细确认的，单纯一个肽段中几个氨基酸现在已经不能作为蛋白鉴定的充分必要条件，需要进一步确认，de novo sequencing & MS blast或者其他算法
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4楼2008-04-10 09:24:38
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edragonfly

新虫 (初入文坛)
★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
搜索到相似的也未必是同源的  我以前对一个蛋白质N末端进行了测序  blast的结果完全很我们的蛋白质完全不相关
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生活是一面镜子，所以微笑面对！
5楼2008-04-10 16:37:50
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