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hxppxh木虫 (正式写手)
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[求助]
RNA-SEQ 过滤低表达基因遇到问题
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我用trinity组装后，分析了每个样品的abundance，得到了每个样品的isoforms.results 文件，用这些文件分析差异表达基因时很顺利。 但是我想过滤掉一些低表达的基因，于是我将这些isoforms.results 文件中fpkm值小于某个范围的行删掉了，再分析差异表达基因运行rinityrnaseq_r20140413/util/abundance_estimates_to_matrix.pl ，结果出现如下错误： > library(edgeR) Loading required package: limma > > rnaseqMatrix = read.table("t_AS_fpkm10730_Trinity_genes.not_cross_norm.fpkm.tmp", header=T, row.names=1, com='') > rnaseqMatrix = round(rnaseqMatrix) > exp_study = DGEList(counts=rnaseqMatrix, group=factor(colnames(rnaseqMatrix))) > exp_study = calcNormFactors(exp_study) Error in if (any(allzero)) x <- x[!allzero, , drop = FALSE] : missing value where TRUE/FALSE needed Calls: calcNormFactors Execution halted Error, cmd: R --vanilla -q < __tmp_runTMM.R 1>&2 died with ret (256) at /diag/software/trinityrnaseq_r20140413/util/support_scripts/run_TMM_scale_matrix.pl line 98. 我觉得应该是那些isoforms.results文件出现了问题，可是不知道如何解决。谢谢！ |
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