24小时热门版块排行榜

返回列表

hxppxh

木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 5016.7
散金: 316
红花: 7
帖子: 566
在线: 271.4小时
虫号: 254981
注册: 2006-05-27
性别: GG
专业: 草地科学

[求助] RNA-SEQ 过滤低表达基因遇到问题

我用trinity组装后，分析了每个样品的abundance，得到了每个样品的isoforms.results 文件，用这些文件分析差异表达基因时很顺利。
但是我想过滤掉一些低表达的基因，于是我将这些isoforms.results 文件中fpkm值小于某个范围的行删掉了，再分析差异表达基因运行rinityrnaseq_r20140413/util/abundance_estimates_to_matrix.pl ，结果出现如下错误：

> library(edgeR)
Loading required package: limma
>
> rnaseqMatrix = read.table("t_AS_fpkm10730_Trinity_genes.not_cross_norm.fpkm.tmp", header=T, row.names=1, com='')
> rnaseqMatrix = round(rnaseqMatrix)
> exp_study = DGEList(counts=rnaseqMatrix, group=factor(colnames(rnaseqMatrix)))
> exp_study = calcNormFactors(exp_study)
Error in if (any(allzero)) x <- x[!allzero, , drop = FALSE] :
missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: calcNormFactors
Execution halted
Error, cmd: R --vanilla -q < __tmp_runTMM.R 1>&2 died with ret (256) at /diag/software/trinityrnaseq_r20140413/util/support_scripts/run_TMM_scale_matrix.pl line 98.

我觉得应该是那些isoforms.results文件出现了问题，可是不知道如何解决。谢谢！

回复此楼

» 猜你喜欢

1楼 2014-08-02 00:46:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 hxppxh 的主题更新

返回列表