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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助] 蛋白质活性位点分析
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kyon

新虫 (初入文坛)

[交流] [求助] 蛋白质活性位点分析

请教各位：蛋白质活性位点分析都有什么方法？

达人帮忙介绍一下  多谢
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1楼 2008-04-07 11:03:42
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
http://www.bioinformatics.leeds.ac.uk/pocketfinder/，这个网可以做蛋白质活性位点的预测，上面有相关的文献链接。

另外给你篇文献你看有没有帮助。
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2楼2008-04-07 13:24:13
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kyon

新虫 (初入文坛)
多谢楼上提供的网站和文献。

还想继续求助蛋白质活性位点方面的算法和软件
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3楼2008-04-08 08:10:33
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mzymyc

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
GRID和MCSS是比较常用的
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4楼2008-04-08 09:53:51
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zdh398

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
PASS、Binding Site Analysis和SiteID也可用
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5楼2008-04-08 16:31:18
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montclimber

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
提供一个线索:进化踪迹分析法, 通过对蛋白质家族在进化过程中的保守氨基酸进行研究,确定这些氨基酸残基在三维结构中的位置,并预测蛋白质活性位点.
ref. Lichtarge O, J. Mol. Biol, 1996, 257:342-358.
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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
6楼2008-04-14 14:06:19
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montclimber

金虫 (正式写手)
luai071, 请问你提供的这个网站如何在位点预测后看结果? 为何最后没有图片显示啊?

[ Last edited by montclimber on 2008-4-14 at 14:16 ]
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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
7楼2008-04-14 14:14:58
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luai071

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by montclimber at 2008-4-14 14:14:
luai071, 请问你提供的这个网站如何在位点预测后看结果? 为何最后没有图片显示啊?

[ Last edited by montclimber on 2008-4-14 at 14:16 ]

这个恐怕不可能吧，我是做过的，可以保存下来一个PDB文件，预测的活性中心用绿色的网格表示。
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8楼2008-04-14 15:59:07
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allbeauty

银虫 (正式写手)
luai071, 我也和montclimber  的情况一样
请问你提供的这个网站如何在位点预测后看结果? 为何最后没有图片显示啊?
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9楼2008-05-09 21:28:01
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allbeauty

银虫 (正式写手)
谢谢！盼复
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10楼2008-05-09 21:28:47
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