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lybio

金虫 (正式写手)

[交流] 请教基因组提取的若干个问题

这个月我做了4次用液氮研磨米曲霉提取基因组DNA,采用SDS-TE 60℃水浴30min(反复颠倒混匀数次),饱和酚:氯仿(1:1)抽提一次(要提前2h配制),饱和酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提两次,2倍冷无水乙醇沉淀20min(请问无水乙醇跟抽提的上清夜是否会均匀混合,感觉加了无水乙醇,处于分层状态,此现象是否正常?加完后没见有絮状白色沉淀出现,但20min后离心有白色沉淀),后用1ml,70%乙醇重漩沉淀,(沉淀很结实,必须用枪头搅,白色沉淀才能分散开,觉得不像是DNA),50℃烘箱干燥后,用加了RNAse 的TE 20ul溶解,37℃放置20min。跑电泳后,居然只有条很小KB的条带,不见基因组DNA。前两个月提过一次,成功了。这月不知为啥怎么提,都提不成,请大家帮忙找下原因,谢谢!
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54808455

新虫 (初入文坛)

加入酚/仿抽提,离心后在水相和有机相间没有出现变性蛋白相层?如果没有,
首先看看平衡酚是否已被氧化?pH偏差较大,这会降低平衡酚抽提蛋白抽的有效性,pH偏差过大也会导致水相和平衡酚互溶。
9楼2008-04-07 20:00:25
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蔓菁

金虫 (正式写手)


★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
“无水乙醇跟抽提的上清夜是否会均匀混合”应该要混合均匀的。
我觉得“沉淀很结实,必须用枪头搅,白色沉淀才能分散开,觉得不像是DNA”应该是RNA。
2楼2008-04-06 13:14:17
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figo.339

木虫 (著名写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):新虫,奖励一下
无水乙醇跟抽提的上清夜是应该均匀混合,加入无水乙醇后应该立即混匀!
3楼2008-04-06 13:22:13
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lybio

金虫 (正式写手)

那我加入无水乙醇,跟抽提的上清夜分层,是什么原因呢?酚,氯仿有问题??
4楼2008-04-06 14:41:47
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