应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
172/2返回列表上一页12
查看: 2173  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
你这个图是水和氯仿没区分开来算的吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
11楼2014-07-23 10:18:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 10:17:17
初始时刻的图你要分别计算出水和氯仿的相对浓度与时间关系图，也就是要设定水set和氯仿set，最后两组数据放到excel或者其他软件处理
...

怎么设定盒子里所有的水分子呢，如果选中某一个水分子设定set，出来的数据不对，应该是要选定所有水分子，删除一种分子再选中其他所有分子也不行，CHCl3和H2O都含有H
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
12楼2014-07-23 18:17:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 10:18:22
你这个图是水和氯仿没区分开来算的吧

嗯，没有设定sets算的，不知道怎么把水和氯仿区分开来
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
13楼2014-07-23 18:20:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
13楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-23 18:20:02
嗯，没有设定sets算的，不知道怎么把水和氯仿区分开来...

把那个分离后的xsd文件传上来 我试试看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
14楼2014-07-23 18:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 18:31:52
把那个分离后的xsd文件传上来 我试试看
...

恕我愚钝，只找到分离前的xsd和模拟结束后的xtd哦，你看一下
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Sketch3.xsd
    • 2014-07-23 19:26:06, 1.11 M
  • 附件 2 : Sketch3.xtd
    • 2014-07-23 19:26:26, 1.57 M
逆风奔跑。
15楼2014-07-23 19:26:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CQU_wjq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-23 21:59:11
引用回帖:
15楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-23 19:26:52
恕我愚钝，只找到分离前的xsd和模拟结束后的xtd哦，你看一下...

xtd里我找了一个区分比较明显的图，复制粘贴到新的xsd文件中，命名test.xsd
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
新建一个水分子的H2O.xsd
新建一个CHCl3分子的CHCl3.xsd


三个xsd保持打开状态
激活test.xsd在最前，edit——find patterns——pattern document选择水分子的H2O.xsd，match property选element type——find，这时所有有水分子的地方会被标记出来——右键select substructure items会选择全部水分子——new sets设置为H2O
同样的方法，设定CHCl3的sets
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-1

然后就是你会的
forcite analysis选择H2O sets，得到水分子的 相对浓度-distanceProfile
同样方法选择CHCl3 sets，得到CHCl3的 相对浓度-distanceProfile
【这里是C轴方向有分离现象，C轴大概41A，不设置bins MS会默认分80个间隔，就是会出现80个数据，这个不合理，因为41A/80=0.5A，明显小于一个分子的大小，会出现我之前回复过的slab不能完全包含小分子，profile波动大的情况。所以这里要设置bins，一般取C轴长度除以5A取整，我这里设置的10 bins】
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-2

两个std的AB列数据都复制到excel作图
可以明显看到氯仿和水分子完全分离了

上次说过，相对浓度和局部密度的关系就是差一个系数
我这里看到V是36886（property explorer里的lattice 3D可以看到cell  volume ），H2O分子是615个，氯仿分子是138个，不知道对不对
CODE:
H2O在盒子里的密度=水分子615个*分子量18.0150 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.498943g/ml

CODE:
CHCl3在盒子里的密度=氯仿分子138个*分子量119.378 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.741900g/ml

这里得到的图线水最大密度在1左右，氯仿最大密度在1.6不到，和你的文献图应该是比较接近的吧。峰值基本接近纯水密度1，纯氯仿密度1.5

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-3

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-4
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-07-23 20:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

粉思

禁虫
本帖内容被屏蔽
17楼2020-11-09 14:53:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 CQU_wjq 的主题更新
172/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +11 咕噜晓晓 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:40 by ACS Nano——
[考研] 269专硕求调剂 +5 金恩贝 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:37 by zhyzzh
[考研] 材料求调剂 +5 @taotao 2026-03-21 5/250 2026-03-21 20:55 by lbsjt
[考研] 333求调剂 +5 87639 2026-03-21 7/350 2026-03-21 19:31 by ColorlessPI
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 302求调剂 +12 呼呼呼。。。。 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +3 NIFFFfff 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:23 by luoyongfeng
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭