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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
你这个图是水和氯仿没区分开来算的吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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11楼2014-07-23 10:18:22
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 10:17:17
初始时刻的图你要分别计算出水和氯仿的相对浓度与时间关系图，也就是要设定水set和氯仿set，最后两组数据放到excel或者其他软件处理
...

怎么设定盒子里所有的水分子呢，如果选中某一个水分子设定set，出来的数据不对，应该是要选定所有水分子，删除一种分子再选中其他所有分子也不行，CHCl3和H2O都含有H
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逆风奔跑。
12楼2014-07-23 18:17:51
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 10:18:22
你这个图是水和氯仿没区分开来算的吧

嗯，没有设定sets算的，不知道怎么把水和氯仿区分开来
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逆风奔跑。
13楼2014-07-23 18:20:02
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
13楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-23 18:20:02
嗯，没有设定sets算的，不知道怎么把水和氯仿区分开来...

把那个分离后的xsd文件传上来 我试试看

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14楼2014-07-23 18:31:52
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-23 18:31:52
把那个分离后的xsd文件传上来 我试试看
...

恕我愚钝，只找到分离前的xsd和模拟结束后的xtd哦，你看一下
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逆风奔跑。
15楼2014-07-23 19:26:52
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pigrass

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伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CQU_wjq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-23 21:59:11
引用回帖:
15楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-23 19:26:52
恕我愚钝，只找到分离前的xsd和模拟结束后的xtd哦，你看一下...

xtd里我找了一个区分比较明显的图，复制粘贴到新的xsd文件中，命名test.xsd
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
新建一个水分子的H2O.xsd
新建一个CHCl3分子的CHCl3.xsd


三个xsd保持打开状态
激活test.xsd在最前，edit——find patterns——pattern document选择水分子的H2O.xsd，match property选element type——find，这时所有有水分子的地方会被标记出来——右键select substructure items会选择全部水分子——new sets设置为H2O
同样的方法，设定CHCl3的sets
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-1

然后就是你会的
forcite analysis选择H2O sets，得到水分子的 相对浓度-distanceProfile
同样方法选择CHCl3 sets，得到CHCl3的 相对浓度-distanceProfile
【这里是C轴方向有分离现象，C轴大概41A，不设置bins MS会默认分80个间隔，就是会出现80个数据，这个不合理，因为41A/80=0.5A，明显小于一个分子的大小，会出现我之前回复过的slab不能完全包含小分子，profile波动大的情况。所以这里要设置bins，一般取C轴长度除以5A取整，我这里设置的10 bins】
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-2

两个std的AB列数据都复制到excel作图
可以明显看到氯仿和水分子完全分离了

上次说过，相对浓度和局部密度的关系就是差一个系数
我这里看到V是36886（property explorer里的lattice 3D可以看到cell  volume ），H2O分子是615个，氯仿分子是138个，不知道对不对
CODE:
H2O在盒子里的密度=水分子615个*分子量18.0150 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.498943g/ml

CODE:
CHCl3在盒子里的密度=氯仿分子138个*分子量119.378 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.741900g/ml

这里得到的图线水最大密度在1左右，氯仿最大密度在1.6不到，和你的文献图应该是比较接近的吧。峰值基本接近纯水密度1，纯氯仿密度1.5

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-3

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-4
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16楼2014-07-23 20:53:51
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17楼2020-11-09 14:53:54
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