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不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的 已有2人参与
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模拟氯仿和水混溶体系的分离过程，打开模拟结束后的.xtd文档，然后通过Animation里面的Options选择不同时刻的frame，从.xtd图可以看出来不同时刻的分布是明显不同的，但是用concentration profile计算出来的不同时刻的相对浓度图却是一模一样的，这是怎么回事呀（附图） 初始.xtd图.png  结束.xtd图.png  相对浓度.png |
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CQU_wjq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-23 21:59:11
CQU_wjq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-23 21:59:11
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xtd里我找了一个区分比较明显的图，复制粘贴到新的xsd文件中，命名test.xsd  新建一个水分子的H2O.xsd 新建一个CHCl3分子的CHCl3.xsd 三个xsd保持打开状态 激活test.xsd在最前，edit——find patterns——pattern document选择水分子的H2O.xsd，match property选element type——find，这时所有有水分子的地方会被标记出来——右键select substructure items会选择全部水分子——new sets设置为H2O 同样的方法，设定CHCl3的sets  然后就是你会的 forcite analysis选择H2O sets，得到水分子的 相对浓度-distanceProfile 同样方法选择CHCl3 sets，得到CHCl3的 相对浓度-distanceProfile 【这里是C轴方向有分离现象，C轴大概41A，不设置bins MS会默认分80个间隔，就是会出现80个数据，这个不合理，因为41A/80=0.5A，明显小于一个分子的大小，会出现我之前回复过的slab不能完全包含小分子，profile波动大的情况。所以这里要设置bins，一般取C轴长度除以5A取整，我这里设置的10 bins】  两个std的AB列数据都复制到excel作图 可以明显看到氯仿和水分子完全分离了 上次说过，相对浓度和局部密度的关系就是差一个系数 我这里看到V是36886（property explorer里的lattice 3D可以看到cell volume ），H2O分子是615个，氯仿分子是138个，不知道对不对 这里得到的图线水最大密度在1左右，氯仿最大密度在1.6不到，和你的文献图应该是比较接近的吧。峰值基本接近纯水密度1，纯氯仿密度1.5   |
16楼2014-07-23 20:53:51
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2楼2014-07-20 12:10:07
3楼2014-07-20 12:23:33
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4楼2014-07-20 12:41:34
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