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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的 已有2人参与

模拟氯仿和水混溶体系的分离过程，打开模拟结束后的.xtd文档，然后通过Animation里面的Options选择不同时刻的frame，从.xtd图可以看出来不同时刻的分布是明显不同的，但是用concentration profile计算出来的不同时刻的相对浓度图却是一模一样的，这是怎么回事呀（附图）

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
初始.xtd图.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-1
结束.xtd图.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-2
相对浓度.png
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逆风奔跑。
1楼 2014-07-20 12:06:55
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CQU_wjq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-23 21:59:11
引用回帖:
15楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-23 19:26:52
恕我愚钝，只找到分离前的xsd和模拟结束后的xtd哦，你看一下...

xtd里我找了一个区分比较明显的图，复制粘贴到新的xsd文件中，命名test.xsd
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-3
新建一个水分子的H2O.xsd
新建一个CHCl3分子的CHCl3.xsd


三个xsd保持打开状态
激活test.xsd在最前，edit——find patterns——pattern document选择水分子的H2O.xsd，match property选element type——find，这时所有有水分子的地方会被标记出来——右键select substructure items会选择全部水分子——new sets设置为H2O
同样的方法，设定CHCl3的sets
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-4

然后就是你会的
forcite analysis选择H2O sets，得到水分子的 相对浓度-distanceProfile
同样方法选择CHCl3 sets，得到CHCl3的 相对浓度-distanceProfile
【这里是C轴方向有分离现象，C轴大概41A，不设置bins MS会默认分80个间隔，就是会出现80个数据，这个不合理，因为41A/80=0.5A，明显小于一个分子的大小，会出现我之前回复过的slab不能完全包含小分子，profile波动大的情况。所以这里要设置bins，一般取C轴长度除以5A取整，我这里设置的10 bins】
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-5

两个std的AB列数据都复制到excel作图
可以明显看到氯仿和水分子完全分离了

上次说过，相对浓度和局部密度的关系就是差一个系数
我这里看到V是36886（property explorer里的lattice 3D可以看到cell  volume ），H2O分子是615个，氯仿分子是138个，不知道对不对
CODE:
H2O在盒子里的密度=水分子615个*分子量18.0150 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.498943g/ml

CODE:
CHCl3在盒子里的密度=氯仿分子138个*分子量119.378 / 阿伏伽德罗常数6.02*10^23 / (体积V 36886*10^-24)=0.741900g/ml

这里得到的图线水最大密度在1左右，氯仿最大密度在1.6不到，和你的文献图应该是比较接近的吧。峰值基本接近纯水密度1，纯氯仿密度1.5

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-6

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-7
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-07-23 20:53:51
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你上面给出的第三张图是相对浓度图，这一张图仅仅是某一个frame的浓度，你要说不同时刻的浓度一样，应该至少给出两种不同时刻下的浓度图。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-20 12:10:07
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-20 12:10:07
你上面给出的第三张图是相对浓度图，这一张图仅仅是某一个frame的浓度，你要说不同时刻的浓度一样，应该至少给出两种不同时刻下的浓度图。

任意frame的相对浓度图都是和第三个图一样的
赞一下 回复此楼
逆风奔跑。
3楼2014-07-20 12:23:33
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-20 12:23:33
任意frame的相对浓度图都是和第三个图一样的...

你sets如何设置的？
给出两个时刻下相对浓度的std表格数据
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-20 12:41:34
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