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《基因组研究手册》阅读笔记——代谢组版
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*代谢组学相关author（大牛） 贾伟：上海交通大学，http://scsb.sjtu.edu.cn/info/1071/1057.htm Jan van der Greef：荷兰莱顿大学，http://zoekenopnaam.leidenuniv.nl/profile/f69972a27cd8ca5e5c17c0fe8d8ab6ff7fee8edc?q=Greef+ Jeremy Nicholson：英国帝国理工大学，http://www.imperial.ac.uk/collegedirectory/index.asp?PeopleID=843424 Oliver Fiehn：美国加州大学戴维斯分校，http://fiehnlab.ucdavis.edu/ 许国旺：中科院大连化学物理所，http://sourcedb.dicp.cas.cn/zw/zjrck/200908/t20090820_2428110.html 唐惠儒：中国科学院武汉物理与数学研究所，http://sourcedb.wipm.cas.cn/zw/rck/200907/t20090721_2132168.html -------------------------------------------------代谢分割--------------------------------------------------------- 会当凌绝顶，一览众山小！我们都是站在巨人的肩膀上从事科研工作的人员，下面就来了解了解巨人们总结出的代谢组学研究基础—— 《基因组研究手册》：C.W.森森（Sensen.C.W.），谢东著。[加拿大] 森森 编， 谢东等译（http://item.jd.com/10122826.html，书本简单介绍，个人比较喜欢京东性价比，所以放了京东的链接，有兴趣的可以自己搜索当当或亚马逊哈~） -------------------------------------------------代谢分割--------------------------------------------------------- 下面开始我的读书之旅（我会依据书中的顺序罗列几个小节点，附上文献参考，希望符合大家的阅读习惯和兴趣）： 1. 代谢组学是各种相互交联的生化通路，以及作为对遗传和环境变化而做出终极反应的代谢物谱的产物[1]。 [1] Fiehn O. Metabolomics--the link between genotypes and phenotypes. Plant Mol Biol. 2002 Jan;48(1-2):155-71. 2. 分三种类型：靶向代谢物组学[2]，代谢物谱，代谢指纹研究[3, 4]。 [2] Verdonk JC, Ric de Vos CH, Verhoeven HA, Haring MA, van Tunen AJ, Schuurink RC. Regulation of floral scent production in petunia revealed by targeted metabolomics. Phytochemistry. 2003 Mar;62(6):997-1008. [3] Weckwerth W. Metabolomics in systems biology. Annu Rev Plant Biol. 2003;54:669-89. [4] Johnson HE, Broadhurst D, Goodacre R, Smith AR. Metabolic fingerprinting of salt-stressed tomatoes. Phytochemistry. 2003 Mar;62(6):919-28. 3. 气相色谱（GC）-MS和液相色谱（LC）-MS是针对小分子代谢物进行定性和定量的高通量实验手段[3]。 4. 在植物代谢组学中使用的分离和检测策略，见[3, 5] [5] Sumner LW, Mendes P, Dixon RA. Plant metabolomics: large-scale phytochemistry in the functional genomics era. Phytochemistry. 2003 Mar;62(6):817-36. 5. 要使代谢物组学数据具有相当的可重复性和价值，就必须注意样本的采集、储存、提取和制备等一系列过程[1]。 常规保存：液氮保存、冻干保存或高温灭活酶。 6. 多变量分析技术包括主要组分分析（POA）、等级聚类分析（HCA）、K值聚类和自组织图（SOM）[5]。 7. PCA和HCA能帮助人们发现复杂且具有振荡性的生化网络的内在规律[3, 6]。 [6] Weckwerth W, Wenzel K, Fiehn O. Process for the integrated extraction, identification and quantification of metabolites, proteins and RNA to reveal their co-regulation in biochemical networks. Proteomics. 2004 Jan;4(1):78-83. 8. 代谢物组学也被用于评估转基因食品的安全性[7]。 [7] Kuiper HA, Kok EJ, Engel KH. Exploitation of molecular profiling techniques for GM food safety assessment. Curr Opin Biotechnol. 2003 Apr;14(2):238-43. 本书分享暂告一段落，只罗列了书中和代谢组学相关的一些基础知识，可供研究初期的同学们对代谢组学有个简单的认识，欢迎大家交流补充~下一篇预计分享贾伟的《医学代谢组学》，文献量比较大，待我整理整理~ |
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